Vẫn theo đại diện cơ quan soạn thảo luật, một nội dung quan trọng trong dự thảo mới nhất là thiết chế Hội đồng đặc khu, gồm tối đa 11 thành viên, do Thủ tướng thành lập. Khác với thiết chế HĐND hiện nay, Hội đồng đặc khu có 3 chức năng chính: tư vấn phản biện bắt buộc với một số vấn đề lớn như quy hoạch, ban hành văn bản pháp quy, chiến lược phát triển (tuy nhiên, người ra quyết định và chịu trách nhiệm cuối cùng vẫn là Trưởng đặc khu); kịp thời cảnh báo cho Trưởng đặc khu để tránh sai lầm; thứ 3 là độc lập báo cáo đánh giá hoạt động quản lý của Trưởng đặc khu lên Thủ tướng.
Phú Quốc Liên quan đến cơ chế chính sách về đất đai, nhiều chính sách trong dự thảo luật đã được điều chỉnh. Thời hạn cho thuê đất tối đa vẫn là 99 năm, nhưng chỉ được áp dụng trong phạm vi hẹp, đối với một số dự án thuộc các lĩnh vực ưu tiên, theo trình tự, thủ tục chặt chẽ và do Thủ tướng Chính phủ quyết định. Xét tình hình thực tế các địa phương được lựa chọn xây dựng đặc khu, các ưu đãi về cho thuê đất của Phú Quốc giảm mạnh so với Vân Đồn, Bắc Vân Phong. Thời gian ưu đãi tiền thuê đất giảm một nửa thời gian… dự thảo cũng bổ sung mô hình khu thương mại tự do gắn với cảng biển và sân bay; rà soát, bãi bỏ thêm nhiều ngành nghề kinh doanh có điều kiện; đơn giản hóa thủ tục hành chính, ưu đãi thuế quan.
Dự kiến, dự án Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt sẽ được trình Quốc hội xem xét, thông qua tại kỳ họp thứ 5, diễn ra vào giữa năm 2018.
