Lý do được tổ chức này nêu ra là, hiện nay sản xuất chăn nuôi trong nước đang có rất nhiều khó khăn, giá vật tư đầu vào (nhất là ngũ cốc, thức ăn chăn nuôi) tiếp tục tăng cao, dịch bệnh thì vẫn diễn biến phức tạp, nhất là các bệnh truyền nhiễm nguy hiểm như dịch tả heo châu Phi, cúm gia cầm, viêm da nổi cục trên trâu bò…; nhập khẩu các sản phẩm chăn nuôi ngày càng nhiều, trong đó có thực phẩm đông lạnh tạm nhập tái xuất gây áp lực không nhỏ về thị trường cho các sản phẩm chăn nuôi trong nước; còn giá đầu ra của các sản phẩm chăn nuôi lại giảm, hoặc lên xuống thất thường. Thêm nữa, chi phí thú y trong chăn nuôi tại Việt Nam luôn chiếm trên 10% giá thành sản phẩm chăn nuôi, trong khi các nước trên thế giới chỉ chiếm khoảng 3-5%. Hầu hết các hộ chăn nuôi và doanh nghiệp nhỏ và vừa đều không có lời, đứng trước nguy cơ phá sản.
Hội Chăn nuôi Việt Nam cho rằng, một trong những nguyên nhân quan trọng của tình trạng khó khăn chồng chất của nông dân có phần tác động không nhỏ từ hệ thống tổ chức quản lý ngành chăn nuôi, thú y của nước ta không còn phù hợp với thực tiễn quản lý và hội nhập quốc tế. Do đó, để bộ máy tổ chức quản lý ngành chăn nuôi và thú y phát huy được hiệu quả tối đa, Hội Chăn nuôi Việt Nam đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ NN-PTNT và các bộ, ngành liên quan nghiên cứu để ngành chăn nuôi, thú y sớm có bộ máy quản lý nhất thể hóa từ trung ương đến địa phương. Thiết nghĩ đây là đề xuất hợp lý trong bối cảnh khó khăn hiện nay, phù hợp yêu cầu tinh giản đầu mối và biên chế hành chính.
Không chỉ riêng trường hợp của Cục Chăn nuôi và Cục Thú y mà nhiều ý kiến cho rằng, một số đơn vị có vai trò, chức năng tương tự, hoặc không thể tách rời nhau, ví dụ như Cục Trồng trọt và Cục Bảo vệ thực vật thuộc Bộ NN-PTNT cũng cần sớm được sáp nhập, sắp xếp lại để tinh giản guồng máy, giảm bớt thủ tục hành chính, tránh chồng chéo.
Ở cấp địa phương hiện nay cũng đã sáp nhập chi cục chăn nuôi với thú y, chi cục trồng trọt với bảo vệ thực vật. Đây cũng chính là mô hình tổ chức vừa phù hợp với xu hướng của thế giới là chỉ có một cơ quan quản lý chuyên ngành chăn nuôi, thú y và trồng trọt, bảo vệ thực vật, vừa tinh gọn để phần nào giảm gánh nặng cho nông dân.
