Theo cáo trạng, từ tháng 4-2014 đến tháng 5-2014, ông Thủy đã thực hiện 2 vụ dâm ô với 2 bé gái tại khu chung cư Lakeside (phường Nguyễn An Ninh, TP Vũng Tàu).
Vụ thứ nhất, trong tháng 4-2014, cháu N.N.A.D. (sinh năm 2008) và anh trai được bố dẫn đến khu cầu trượt thuộc khuôn viên chung cư Lakeside để chơi. Lợi dụng lúc bố các cháu đang ngồi chơi cách đó khoảng 30m, ông Thủy đến thực hiện hành vi dâm ô với cháu D.
Hành vi này của ông Thủy bị anh trai của D. nói lại với bố. Và sau đó bố của cháu D. đến tra hỏi ông Thủy và tát ông một cái vào mặt rồi yêu cầu bảo vệ chung cư đến giải quyết.
Vụ thứ hai xảy ra vào cuối tháng 5-2014, khi cháu T.H.A. (sinh năm 2003) đang nói chuyện với bạn ngoài cửa sổ thì ông Thủy đến và thực hiện hành vi dâm ô đối với cháu A. Bạn của cháu A. đã chứng kiến vụ việc sau đó cùng A đến khai báo tại cơ quan điều tra.
Tại phiên tòa phúc thẩm ngày 11-5, bị cáo Thủy tiếp tục kêu oan và cho rằng không thực hiện hành vi dâm ô các bé gái như cáo trạng đã truy tố. Các luật sư bào chữa cho bị cáo yêu cầu hoãn phiên tòa vì vắng mặt bị hại và người có nghĩa vụ liên quan, sức khỏe bị cáo yếu…
Sau khi xem xét lời khai và các chứng cứ có trong vụ án cũng như tại phiên tòa, HĐXX nhận định ở vụ thứ nhất hành vi dâm ô của bị cáo đối với cháu N.N.A.D. đã được làm rõ.
Tuy nhiên ở vụ việc thứ 2, mặc dù cơ quan điều tra đã dùng các biện pháp nghiệp vụ để xác minh vụ việc nhưng vụ việc vẫn chưa rõ nên không có căn cứ để xác định bị cáo đã thực hiện hành vi dâm ô đối với cháu T.H.A.
Từ những tình tiết trên HĐXX quyết định chấp nhận một phần kháng cáo của bị cáo Nguyễn Khắc Thủy, sửa một phần bản án hình sự sơ thẩm và phạt bị cáo 18 tháng tù nhưng cho hưởng án treo.