Mặc dù khu vực cụm cảng này có diện tích khoảng 200 ha, nhưng vẫn xảy ra tình trạng ùn tắc cục bộ. Chính vì vậy Cục Hải quan TPHCM vẫn thường xuyên thực hiện theo những nội dung chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Tài chính, Tổng Cục Hải quan, UBND TP về những giải pháp tạo thuận lợi thương mại, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia.
Trong đề án tạo thuận lợi thương mại cho các doanh nghiệp nói trên, Cục Hải quan TP và Tổng Công ty Tân cảng Sài Gòn hỗ trợ doanh nghiệp rút ngắn thời gian luân chuyển hồ sơ giữa các bộ phận hải quan và thời gian phân công từ 0,5 - 1 giờ; rút ngắn thời gian di chuyển, tiết kiệm 1-2 giờ để di chuyển từ trụ sở doanh nghiệp tới trụ sở cơ quan hải quan tại cảng Cát Lái; doanh nghiệp rút ngắn được khoảng 70% thời gian làm thủ tục theo quy định tại Luật Hải quan.
Thêm nữa, doanh nghiệp được bố trí khu vực làm thủ tục riêng tại cảng Cát Lái, với quy trình thủ tục tập trung, khép kín, phục vụ 24/7, doanh nghiệp có thể giám sát trực tuyến quá trình làm thủ tục hải quan qua điện thoại di động…
Ngoài ra, chi phí tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp Việt Nam cũng rất cao. Một số doanh nghiệp thừa nhận, sẵn sàng vi phạm để hoạt động bởi nếu tuân thủ pháp luật phải tốn nhiều chi phí (thời gian, đầu tư, nhân lực, cơ hội….), trong khi vi phạm pháp luật rồi nộp phạt nhiều khi có lợi hơn. Từ đó dẫn đến chi phí tuân thủ pháp luật của các doanh nghiệp bị “đội” lên cao ngất ngưởng.