Nhằm đảm bảo tiến độ dự án không bị đình trệ, UBND TPHCM đã chủ động thu xếp tạm ứng bổ sung từ ngân sách thành phố 2.158,5 tỷ đồng trong năm 2019, để Ban quản lý Đường sắt đô thị TP kịp thời thanh toán cho nhà thầu theo tiến độ.
Hội đồng thẩm định thiết kế kỹ thuật của dự án (cơ quan thường trực là Sở GTVT) cũng tập trung giải quyết dứt điểm các hồ sơ thiết kế kỹ thuật còn tồn đọng (trong đó, bao gồm các hồ sơ thiết kế kỹ thuật của gói thầu số 3, theo lưu ý của JICA), nhằm đảm bảo dự án triển khai theo tiến độ cam kết với nhà tài trợ.