Cụ thể, số phương tiện thủy nội địa đã được đăng ký là hơn 252.200 chiếc/ trên tổng số hơn 470.000 phương tiện thủy nội địa hiện có. Các chỉ tiêu khác như tổng số phương tiện được đăng kiểm cũng mới đạt 60%, số người điều khiển phương tiện được đào tạo mới đạt 42,2%. Bên cạnh đó, hệ thống hạ tầng giao thông đường thủy nội địa còn tồn tại nhiều bất cập. Hiện chưa có cơ sở dữ liệu tàu, thuyền kết nối với hệ thống dữ liệu quốc gia, còn sự chồng lấn quản lý giữa đường thủy nội địa trung ương và địa phương, giữa đường thủy nội địa và hàng hải...
Theo đánh giá của Bộ Giao thông Vận tải, những bất cập trong quản lý chính là nguy cơ tiềm ẩn tai nạn giao thông đường thủy. Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu các đơn vị, địa phương từng bước tăng cường quản lý, áp dụng công nghệ hiện đại, dần tiệm cận với sự quản lý của ngành hàng hải để đảm bảo an toàn giao thông đường thủy.
