Theo Cục Thuế TPHCM, trong giai đoạn báo cáo, toàn địa bàn TPHCM đã tiếp nhận 7.781 hồ sơ hoàn thuế, tương ứng với số tiền thuế là 54.261 tỷ đồng. Có 4.916 quyết định hoàn thuế đã được ban hành, tương ứng số tiền đã hoàn 30.626 tỷ đồng; còn gần 24.000 tỷ đồng chưa được hoàn thuế cho doanh nghiệp. Phó Cục trưởng Cục Thuế TPHCM Nguyễn Tiến Dũng cho biết, thời gian qua ngành thuế phát hiện nhiều doanh nghiệp lợi dụng chính sách hoàn thuế còn sơ hở, thành lập doanh nghiệp, chuỗi doanh nghiệp để mua bán hóa đơn lòng vòng, rồi đề nghị hoàn thuế để trục lợi.
Cục Thuế TPHCM kiến nghị Quốc hội, Chính phủ, Bộ Tài chính bổ sung chức năng điều tra cho cơ quan thuế, đảm bảo cơ quan thuế được quyền điều tra, xác minh khi có dấu hiệu rủi ro trong quản lý thuế nói chung và hoàn thuế nói riêng. Bổ sung quy định về thanh tra trước, hoàn thuế sau đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế có tính phức tạp, rủi ro rất cao, số tiền lớn, thời gian phát sinh số tiền đề nghị hoàn thuế dài.
Để hạn chế việc lợi dụng chính sách đăng ký doanh nghiệp thông thoáng để lập doanh nghiệp mua bán hóa đơn trục lợi, Cục Thuế TPHCM cũng đề xuất doanh nghiệp, tổ chức cá nhân khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử phải được xác thực nhân thân người đại diện theo pháp luật tại hệ thống định danh và xác thực điện tử VNeID.
Cũng liên quan đến công tác hoàn thuế, Cục Hải quan TPHCM kiến nghị việc hoàn thuế giá trị gia tăng cần đưa về một đầu mối là cơ quan thuế địa phương.
