Có 4 tuyến sông chính đi qua thành phố gồm Sài Gòn, Đồng Nai, Lòng Tàu và Soài Rạp. Các sông này cùng với hệ thống kênh, rạch đã tạo ra mạng lưới đường thủy liên kết với các tỉnh lân cận như Bình Dương, Tây Ninh, Đồng Nai, Long An, Tiền Giang, Bà Rịa - Vũng Tàu và các tỉnh ĐBSCL.
TPHCM đã khai thác nhiều tuyến vận tải hành khách, du lịch bằng đường thủy như tuyến buýt số 1 từ bến Bạch Đằng (quận 1) đi bến Linh Đông (TP Thủ Đức) với 4 chuyến lượt đi và 4 chuyến lượt về/ngày. Tuyến vận tải hành khách từ bến Bạch Đằng đi TP Vũng Tàu (tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu) ngày thường hoạt động 2 chuyến vào khung giờ sáng và chiều, 2 ngày cuối tuần tăng lên 4 chuyến/ngày. Bên cạnh đó, tuyến từ bến đò Tắc Suất (huyện Cần Giờ) đi TP Vũng Tàu trung bình có 12 chuyến/ngày. Ngoài ra, còn có tuyến vận tải hành khách du lịch từ bến Bạch Đằng đi Bến Đình, Bến Dược (huyện Củ Chi), TP Thủ Dầu Một (tỉnh Bình Dương).
Chưa hết, TPHCM còn phục vụ hành khách theo hợp đồng chuyến với các du thuyền, tàu nhà hàng phục vụ du lịch, ẩm thực giải trí về đêm trên sông Sài Gòn (đoạn từ hạ lưu cầu Sài Gòn đến mũi Đèn Đỏ); thuyền gỗ nhỏ, kèm hướng dẫn tham quan du lịch nội đô trên tuyến kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè. Ngoài ra, còn có các tuyến vận tải khách du lịch bằng tàu cao tốc từ bến Bạch Đằng, bến Cầu Mống (quận 4) đến các địa điểm khu du lịch, khu di tích lịch sử trên địa bàn huyện Nhà Bè, Cần Giờ, Bình Chánh, Củ Chi (TPHCM), các tỉnh Bình Dương, Đồng Nai và ĐBSCL.
