Cụ thể, trên tuyến 20 vị trí nước ngập sâu, chảy xiết gây xói lở nền đá, nền đường, 45 điểm sạt lở ta luy, đất đá trôi lấp nền đường và rãnh đường sắt. Đồng thời, tuyến còn có 15 vị trí cây, cột thông tin đổ vào đường sắt, nhiều thiết bị tín hiệu bị ngập nước, hư hỏng.
Do mưa lũ kéo dài, các điểm hạ tầng bị ngập, hư hỏng nặng. Các đơn vị trên tuyến vẫn đang tập trung nhân lực, vật tư, thiết bị, khẩn trương cứu chữa khắc phục hậu quả, cố gắng thông đường trong thời gian nhanh nhất.
Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cũng cho biết, ngoài tuyến Yên Viên - Lào Cai, các tuyến Hà Nội - Đồng Đăng, Gia Lâm - Hải Phòng, Kép - Hạ Long - Cái Lân cũng bị thiệt hại lớn do bão lũ. Hàng trăm vị trí đường sắt bị cây đổ vào đường ray và đường dây thông tin tín hiệu, nhiều thiết bị đường sắt bị gãy đổ, hư hỏng.
Thiệt hại về hạ tầng đường sắt đến nay chưa thể thống kê được. Riêng về vận tải, từ ngày 7 đến 12-9, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã phải hủy 41 chuyến tàu khách trên các tuyến, thiệt hại doanh thu hơn 4 tỷ đồng do hơn 18.000 hành khách trả vé.