Trở ngại lớn nhất của dự án là vốn đầu tư, các địa phương có dự án đi qua cơ bản đã cùng nhau tìm được phương án giải quyết. Khai thác, phát triển quỹ đất dọc dự án để có tiền đầu tư là phương thức tạo vốn cơ bản với dự án này. Theo đó, mỗi nhà ga không chỉ là điểm dừng đưa, đón khách mà còn hình thành cả một khu đô thị rộng hàng trăm hécta.
Trên tinh thần này, ga xuất phát của tuyến đường sắt tốc độ cao TPHCM - Cần Thơ là Tân Kiên (huyện Bình Chánh, TPHCM) sẽ nằm trong Khu đô thị Tân Kiên (tên tạm gọi) khoảng 350ha. Dự kiến, đây sẽ là khu đô thị hiện đại, đầu mối giao thông không chỉ của tuyến đường sắt tốc độ cao mà còn là nhà ga của tuyến metro số 3a Bến Thành - Tân Kiên. Tuyến xe buýt nhanh (BRT) dọc đường Võ Văn Kiệt đang thi công sẽ được kết nối tới Tân Kiên và theo ông Hà Ngọc Trường, tuyến đường sắt Bắc - Nam chạy song song xa lộ Hà Nội dự kiến cũng sẽ dừng, đậu ở Tân Kiên.
Ga kế tiếp được xây dựng tại thị trấn Bến Lức (tỉnh Long An). Từ ga này sẽ có đường bộ hoặc thủy kết nối tới Cảng quốc tế Long An và Cảng quốc tế Soài Rạp (TPHCM). Tại đây sẽ hình thành một khu đô thị cảng hiện đại với các trung tâm logistics, dự kiến rộng khoảng 500ha. Tại tỉnh Long An sẽ hình thành thêm 1 ga ở Tân An. Nhà ga này được xem là động lực để hình thành nên đô thị Tân An (mới), dự kiến rộng khoảng 300ha.
Ga thứ tư đặt tại xã Phước Lập, huyện Tân Phước (tỉnh Tiền Giang), nằm trong khu đô thị khoảng 485ha - được kết nối đồng bộ bằng 3 tuyến đường bộ tới các KCN-KCX ở Trung Lương, Mỹ Tho. Ga cuối cùng nằm gần cảng biển Cái Cui (Cần Thơ). Khu vực ga sẽ hình thành trung tâm logistics vừa phục vụ hoạt động của cảng Cái Cui vừa phục vụ hoạt động vận chuyển hàng hóa của tuyến đường sắt này. Dự kiến, khu đô thị mới rộng 70ha cũng sẽ được xây dựng.
Theo ông Hà Ngọc Trường, tuyến đường sắt này sẽ đi bên phải (nhìn từ TPHCM) và gần như song song với cao tốc TPHCM - Trung Lương. Toàn tuyến dài 135km đi qua 4 địa phương là TPHCM, Long An, Tiền Giang và Cần Thơ. Tuyến đường sắt tốc độ cao dùng cho cả tàu chở hành khách và chở hàng, tốc độ tối đa tàu khách là 200km/giờ và tàu chở hàng là 150km/giờ.
Đánh giá về dự án này, Bộ GT-VT khẳng định, rất cần thiết cho sự phát triển của khu vực Đồng bằng sông Cửu Long và các địa phương có tuyến đường sắt đi qua. Nhất là trong bối cảnh, giao thông về Đồng bằng sông Cửu Long hiện nay chủ yếu bằng đường bộ. Chi phí đầu tư toàn dự án, gồm cả phát triển đô thị khoảng 10 tỷ USD (đường sắt hơn 5 tỷ USD). Việc khai thác hiệu quả các quỹ đất dọc ga sẽ tạo nguồn tài chính lớn cho việc xây dựng tuyến đường sắt này. Các khu đô thị hiện đại mọc lên sẽ là động lực lớn cho sự phát triển kinh tế - xã hội của các địa phương. Theo ông Hà Ngọc Trường, vấn đề hiện nay là quyết tâm của Chính phủ trong việc thực hiện dự án này.
