Để thanh toán khoản chi phí này, Bộ GTVT đã có văn bản đề nghị Ngân hàng Xuất nhập khẩu Trung Quốc xem xét, chấp thuận bổ sung hợp đồng tư vấn giám sát vào phạm vi tài trợ của hiệp định vay bổ sung. Hiện hiệp định vay bổ sung còn dư khoảng 26,4 triệu USD.
Tuy nhiên, Ngân hàng Xuất nhập khẩu Trung Quốc không đồng ý dùng vốn dư để chi trả, với lý do hợp đồng tư vấn giám sát không thể được tài trợ bởi khoản vay. Theo thông lệ, khoản chi phí tăng thêm sẽ thanh toán bằng vốn đối ứng của dự án, nhưng Bộ GTVT cho biết, vốn này còn lại rất ít, không đủ thanh toán. Trường hợp không còn vốn đối ứng, dự án cần được bố trí vốn ngân sách để trả phần chi phí tăng thêm.
Dự án đường sắt Cát Linh - Hà Đông đã hoàn thành xây dựng. Bộ GTVT đã báo cáo Hội đồng Kiểm tra Nhà nước để kiểm tra công tác nghiệm thu của chủ đầu tư làm cơ sở bàn giao dự án cho TP Hà Nội đưa vào vận hành khai thác.