Theo Cục Đường bộ Việt Nam, trong quá trình thực hiện dự án, một số nội dung dự kiến quy định tại hợp đồng dự án đã thay đổi như: chi phí đầu tư quyết toán, lãi suất tiền vay, mức thu, số thu, lưu lượng phân lưu…
Do đó các bên phải đàm phán các nội dung vướng mắc phát sinh và điều chỉnh thời gian thu phí tạo lợi nhuận theo quy định tại hợp đồng dự án.
Sau 18 phiên họp, Bộ GTVT, Cục Đường bộ Việt Nam, nhà đầu tư và các ngân hàng tài trợ vốn vẫn chưa thống nhất phương án giải quyết một số nội dung như: lãi bảo toàn vốn chủ sở hữu trong thời gian xây dựng và khai thác; tính lãi như vốn vay trong giai đoạn xây dựng đối với doanh thu thu phí giai đoạn 2009 - 2015; phương án tính lãi vay đối với các khoản giảm trừ trong giai đoạn khai thác và thời gian thu phí tạo lợi nhuận…
Sau khi báo cáo nội dung và kết quả đàm phán, Cục Đường bộ Việt Nam được Bộ GTVT giao cho quyết định việc tạm dừng, dừng thu phí dự án theo thẩm quyền.
Bộ GTVT và Cục Đường bộ Việt Nam sẽ sớm làm việc với chủ đầu tư là Công ty cổ phần Phát triển đường cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu (BVEC) và các cơ quan, đơn vị liên quan để giải quyết dứt điểm các nội dung tồn tại của dự án.
Theo phụ lục hợp đồng ký vào năm 2017 giữa Tổng cục Đường bộ Việt Nam (nay là Cục Đường bộ Việt Nam) và nhà đầu tư, thời gian thu phí dự án BOT mở rộng QL51 dự kiến kết thúc vào tháng 1-2030. Tuy nhiên, do lưu lượng thực tế xe qua trạm cao hơn so với phương án tính toán trước đây, thời gian thu phí hoàn vốn dự án sẽ kết thúc sớm hơn.
