Tuy nhiên, nếu dịch bệnh diễn biến phức tạp, Bộ Tư lệnh TPHCM phải kịp thời tham mưu để nhanh chóng kích hoạt trở lại Sở Chỉ huy.
Theo quyết định, Bộ Tư lệnh TPHCM, Công an TPHCM, Sở Y tế, Sở TT-TT, Văn phòng UBND TPHCM cùng các cơ quan rút lực lượng làm nhiệm vụ tại Sở Chỉ huy về cơ quan, đơn vị.
UBND TPHCM giao Sở Y tế thường xuyên và chủ động phối hợp thực hiện các nhiệm vụ phòng chống dịch Covid-19 trong tình hình mới; thường xuyên cập nhật, theo dõi, dự báo diễn biến dịch bệnh trong và ngoài thành phố để tham mưu, chỉ đạo kịp thời. Công an TPHCM được giao chỉ đạo các cơ quan chức năng nắm bắt tình hình liên quan đến dịch bệnh, quản lý cư trú, xuất nhập cảnh, kịp thời phát hiện các trường hợp đi về từ vùng dịch không khai báo y tế hoặc nhập cảnh trái phép để có biện pháp xử lý.
Đầu tháng 7-2021, Sở Chỉ huy được thành lập và kiện toàn đầu tháng 9-2021 trong bối cảnh dịch Covid-19 ở thành phố diễn biến phức tạp. Sở Chỉ huy có nhiệm vụ tham mưu các chủ trương, kế hoạch, biện pháp phòng chống dịch Covid-19.
Đến nay, dịch Covid-19 ở thành phố có nhiều diễn biến khả quan. Số ca mắc mới tiếp tục giảm, số ca nhập viện, trở nặng và tử vong đều có xu hướng giảm. Vì vậy, TPHCM quyết định dừng hoạt động Sở Chỉ huy.