Viện Nghiên cứu Hán Nôm cho biết, toàn bộ số sách 121 quyển được cho là thiếu, đều nằm trong kho sách ST (tổng số 17.712 quyển), tức là kho sách được viện sưu tầm thêm (khác biệt với sách ký hiệu A - do người Pháp sưu tầm, và sách ký hiệu V - do người Việt Nam sưu tầm trước đó). Cũng theo viện, từ giữa năm 2022, kho sách này cũng đã được tiến hành kiểm kê, nhưng một phần sách ST chưa tu bổ, còn cột để trong kho và nhóm kiểm kê mới chỉ tiến hành kiểm đếm mà chưa đối chiếu với sổ đăng ký cá biệt. Vì vậy, đầu năm 2023, thay vì chỉ kiểm đếm đơn thuần như trước thì đã đối chiếu, đánh dấu vào sổ đăng ký cá biệt. Trong lần kiểm kê này, đã phát hiện thiếu 121 quyển. Viện cũng không khẳng định chính xác đây đã là con số sách bị mất, hay chỉ thất lạc, bởi cũng trong quá trình kiểm kê, viện phát hiện ra có 339 quyển đã vào sổ, nhưng lẫn lộn các ký hiệu sách. Nhóm kiểm kê rà soát lại toàn bộ 17.712 sách ST và xác định có 877 quyển (5%) thuộc loại hư hại nặng.
Với thông tin này, có thể thấy, việc bảo quản, lưu trữ sách Hán Nôm, vốn được coi là một tài liệu lưu trữ rất quan trọng và có giá trị về nhiều mặt kinh tế, chính trị, văn hóa, giáo dục... đang rất có vấn đề. Trong chức năng và nhiệm vụ của Viện Nghiên cứu Hán Nôm có ghi rất rõ: “Điều tra, biên mục, sưu tầm, thu thập di sản Hán Nôm ở trong nước và ngoài nước”, song với việc sau mỗi lần kiểm kê lại phát hiện ra số lượng sách bị thất thoát, lần sau nhiều hơn lần trước, cho thấy phải xem xét lại quy trình sưu tầm, bảo quản tại viện và rà soát năng lực của đội ngũ nhân viên đang phụ trách các kho tư liệu, tài liệu đặc biệt này.
Việc bảo tồn các tư liệu cổ là thách thức lớn, không chỉ với riêng Viện Nghiên cứu Hán Nôm, mà còn đối với toàn bộ các đơn vị, ngành lưu trữ và bảo tàng. Ngoài nguyên nhân do khí hậu, môi trường khắc nghiệt, còn có chuyện cơ sở vật chất dành cho việc này thiếu thốn lạc hậu, chưa khắc phục được những tác động từ ngoại cảnh; và do năng lực từ chính người thực hiện bảo quản, khai thác tài liệu.
Viện Nghiên cứu Hán Nôm cũng khẳng định, đã và đang tổ chức các biện pháp xử lý vấn đề một cách công khai, minh bạch, đồng thời xác định rõ trách nhiệm của các tập thể và cá nhân liên quan. Tuy nhiên, như đã nói ở trên, sách Hán Nôm là tư liệu có giá trị đặc biệt, nếu hư hại, mất mát khó có thể sửa chữa. Bởi vậy, cùng với việc tiếp tục rà soát, sàng lọc, lập hội đồng đánh giá tình trạng sách hư hại để có phương án xử lý phù hợp, rất cần sự vào cuộc của các cơ quan liên quan như Bộ Công an, Bộ VH-TT-DL… để có thể nhanh chóng tìm ra được nguyên nhân gốc rễ của việc “thất thoát” sách.