Sau lễ đón, Chủ tịch nước Trần Đại Quang và Tổng thống Ai Cập Abdel Fattah Al Sisi đã tiến hành hội đàm. Trước đó, đoàn đã vào Lăng viếng Chủ tịch Hồ Chí Minh và đặt vòng hoa tại Đài tưởng niệm các Anh hùng Liệt sĩ.
Tại cuộc hội đàm, hai bên nhất trí tăng cường trao đổi đoàn các cấp, trên tất cả các kênh Đảng, Nhà nước, Quốc hội, Chính phủ, địa phương, doanh nghiệp và giao lưu nhân dân. Hai bên đánh giá cao hợp tác song phương trên các diễn đàn đa phương, đặc biệt trong khuôn khổ Liên hiệp quốc, Phong trào Không liên kết, tổ chức Pháp ngữ... Chủ tịch nước Trần Đại Quang cảm ơn Ai Cập đã ủng hộ Việt Nam ứng cử vào các cơ quan quan trọng của LHQ, trong đó có ứng cử vào vị trí Ủy viên không thường trực Hội đồng Bảo an LQH nhiệm kỳ 2020 - 2021. Hai nhà lãnh đạo chia sẻ quan điểm trên những vấn đề quốc tế và khu vực hiện nay, khẳng định cùng ủng hộ nỗ lực của khu vực, quốc tế nhằm chống chủ nghĩa khủng bố và tìm giải pháp hòa bình cho các cuộc khủng hoảng Trung Đông. Tổng thống Abdel Fattah Al Sisi khẳng định ủng hộ các nỗ lực của Việt Nam nhằm duy trì hòa bình, ổn định, phát triển thịnh vượng; mọi tranh chấp cần được giải quyết hòa bình trên cơ sở các nguyên tắc của luật pháp quốc tế và Công ước LHQ về Luật Biển.
Hai nhà lãnh đạo trao đổi sâu rộng về các chủ trương, biện pháp để thúc đẩy thương mại và đầu tư giữa hai nước. Hai bên hoan nghênh việc ký Biên bản kỳ họp lần thứ 5 Ủy ban Liên Chính phủ Việt Nam - Ai Cập nhân chuyến thăm lần này và kết quả phiên họp cấp kỹ thuật của ủy ban từ ngày 21 đến ngày 22-8 tại Hà Nội vừa qua cùng với chuyến thăm Việt Nam của Bộ trưởng Đầu tư và Hợp tác quốc tế Ai Cập và Chủ tịch Cơ quan Quản lý Khu kinh tế Kênh đào Suez. Hai bên khẳng định cam kết phấn đấu đưa kim ngạch thương mại song phương sớm đạt mục tiêu 1 tỷ USD thông qua tăng cường xúc tiến đầu tư, thương mại giữa hai nước.
Hai bên khẳng định tầm quan trọng của việc thúc đẩy hợp tác trong các lĩnh vực công nghiệp, doanh nghiệp vừa và nhỏ, nông nghiệp, nghề cá, vận tải, xây dựng cảng biển, đóng tàu, văn hóa, du lịch, giáo dục, an ninh - quốc phòng... Việt Nam hoan nghênh đề xuất của Ai Cập sẵn sàng giúp đỡ về kỹ thuật và đào tạo chuyên gia cho Việt Nam trong lĩnh vực tiêu chuẩn Halal cho hàng hóa Hồi giáo. Tổng thống Abdel Fattah Al Sisi ủng hộ ý tưởng thúc đẩy hợp tác ba bên giữa Việt Nam, các nước Trung Đông - châu Phi và một bên thứ ba.
Hai nhà lãnh đạo cũng nhắc lại việc Chủ tịch Hồ Chí Minh đã 3 lần đặt chân đến Ai Cập và đề nghị ngành văn hóa hai nước tiếp tục nghiên cứu về thời kỳ lịch sử này và coi đây là một trong những di sản của mối quan hệ hữu nghị truyền thống giữa hai nước.
Sau hội đàm, Chủ tịch nước Trần Đại Quang và Tổng thống Abdel Fattah Al Sisi đã chứng kiến lễ ký 6 Biên bản ghi nhớ, 2 Chương trình hợp tác và 1 Biên bản kỳ họp.
Chiều 6-9, tại trụ sở Trung ương Đảng, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã tiếp Tổng thống Cộng hòa Ả-rập Ai Cập Abdel Fattah Al Sisi. Nhiệt liệt hoan nghênh Tổng thống Abdel Fattah Al Sisi thăm Việt Nam, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng cho rằng chuyến thăm Việt Nam đầu tiên của một Tổng thống Ai Cập sẽ là dấu mốc lịch sử, mở ra giai đoạn phát triển tốt đẹp hơn nữa cho quan hệ hữu nghị truyền thống giữa hai nước.