Theo Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, với tổng vốn 58,7 tỷ USD, hình thức đầu tư (Nhà nước 80%, tư nhân 20%) cần phải được tính toán, xác định trên cơ sở hiệu quả đầu tư, khả năng thu hút đầu tư của dự án. Với tỷ lệ vốn Nhà nước phải tham gia rất cao cho thấy tính khả thi dự án không cao, không đủ khả năng thu hút vốn tư nhân tham gia, thu hồi vốn đầu tư. Về vốn đầu tư tư nhân, Bộ Giao thông Vận tải cần làm rõ khả năng thu hút đầu tư, thời gian hoàn vốn đầu tư.
Về công nghệ, thực tế trong nước chưa tự chủ được công nghệ, chưa có kinh nghiệm và thời gian qua các dự án đường sắt đô thị ở Hà Nội, TPHCM đều gặp bế tắc, gây bức xúc dư luận xã hội, vì thế việc lựa chọn công nghệ, kỹ thuật rất quan trọng ảnh hưởng đến công tác vận hành, yếu tố kinh tế, an toàn.
Do đó, đề nghị tư vấn độc lập đủ năng lực, tính khách quan có phân tích đề xuất của Bộ Giao thông Vận tải về cơ sở kỹ thuật, kinh tế khi chọn phương án 3 (nâng cấp tuyến đường hiện hữu và xây mới tuyến cao tốc với vận tốc thiết kế 350 km/giờ) để thực hiện.
Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước cũng cho rằng thời gian hoàn thành dự án khoảng 30 năm (2020-2050) nên còn rất nhiều yếu tố tác động như kỹ thuật, giá thành vật tư, thiết bị, tỷ lệ trượt giá, chi phí nhân công…
Thực tế cho thấy, thời gian qua do nhiều yếu tố, các dự án đường sắt đô thị có tỷ lệ tăng tổng mức đầu tư rất lớn, có dự án tăng tới 2,7 lần trong vòng 10 năm (dự án metro Bến Thành-Suối Tiên). Trong khi đó, tổng mức đầu tư là cơ sở xác định hiệu quả đầu tư, chuẩn bị nguồn lực đầu tư do đó đề nghị làm rõ cơ sở xác định và tính chuẩn xác của tổng mức đầu tư đã đề xuất…
Với nguồn vốn ngân sách chiếm 80% phương án này hoàn toàn không khả thi, Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước đề nghị Bộ Tài chính, Kế hoạch và Đầu tư có đánh giá kỹ hơn về đề xuất này, đặc biệt lưu ý khả năng cân đối thu chi ngân sách Nhà nước, vấn đề nợ công khi thực hiện đầu tư dự án.
Đánh giá hiệu quả đầu tư là một trong những cơ sở quan trọng quyết định chủ trương đầu tư dự án, phía Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước đề nghị Bộ Giao thông Vận tải tính toán đầy đủ các yếu tố rủi ro tác động đến hiệu quả đầu tư như rủi ro về kỹ thuật, thiết bị thay thế; tăng chi phí đầu tư, tổng mức đầu tư; nguồn nhân lực; không đủ lưu lượng hành khách như dự kiến.
Ngoài ra, để có cơ sở xem xét, đơn vị này đề nghị Bộ Giao thông Vận tải cần có đánh giá cụ thể về các vấn đề liên quan đến việc triển khai các dự án đường sắt đô thị hiện nay để có bài học kinh nghiệm trong việc chuẩn bị đầu tư dự án.
Cho rằng những số liệu tham chiếu trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi đưa ra còn chung chung, chưa cập nhật nên Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước đề nghị Bộ Giao thông Vận tải bổ sung phân tích hiện trạng giao thông đường bộ, đường thủy, đường sắt, hàng không trên trục Bắc-Nam trong đó làm rõ công suất khai thác thực tế của từng loại hình giao thông, những ảnh hưởng của tuyến đường sắt tốc độ cao trục Bắc-Nam đối với việc khai thác các tuyến giao thông còn lại.