Hiện phần thiết bị còn lại không trực tiếp liên quan đến chạy tàu, tuy nhiên, tổng thầu dự án (Công ty Hữu hạn Tập đoàn Cục 6 đường sắt Trung Quốc) phải hoàn thành trước khi dự án được nghiệm thu toàn bộ. Bên cạnh đó, tổng thầu phải hoàn thiện đề cương và thực hiện vận hành thử toàn bộ hệ thống đường sắt Cát Linh - Hà Đông trong ít nhất 20 ngày để đánh giá an toàn hệ thống. Hiện tổng thầu đã trình đề cương vận hành thử chi tiết song cần bổ sung, hoàn thiện và đến nay vẫn chưa được phê duyệt.
Bộ GTVT, tổng thầu đã rất chậm trễ trong việc tập hợp hồ sơ liên quan đến linh kiện lắp đặt để đơn vị tư vấn độc lập là Liên danh Apave-Certifier-Tricc (Pháp) đánh giá mức độ an toàn hệ thống. Do chưa được nghiệm thu, tổng thầu đang phải chịu các chi phí để duy trì vận hành thiết bị, khoảng 100 triệu đồng/ngày và chi phí như lương, thuê văn phòng, thuê nhà...
Ban Quản lý dự án đường sắt cũng cho biết, sau khi nghiệm thu toàn bộ, được cấp giấy chứng nhận an toàn hệ thống để khai thác, dự án sẽ được bàn giao cho TP Hà Nội, trực tiếp là Công ty TNHH Một thành viên Đường sắt Hà Nội khai thác, vận hành.
