Trong số nhiều nguyên nhân được đưa ra, Bộ GTVT thừa nhận có lỗi chủ quan là thiết kế cơ sở ban đầu của dự án còn sơ sài, chưa lường hết được quy mô, tính chất, công năng nên phải điều chỉnh tại bước thiết kế kỹ thuật. Trong khi đó, tổng thầu EPC là Công ty Hữu hạn Tập đoàn Cục 6 đường sắt Trung Quốc chưa có kinh nghiệm trong triển khai thực hiện dự án tổng thể theo hình thức hợp đồng EPC, chưa thực hiện theo đúng cam kết về tiến độ, thiếu kinh nghiệm trong việc thiết kế. Đặc biệt, do cách thức triển khai thực hiện dự án ở mỗi nước có sự khác biệt, trong khi đây là lần đầu tiên tổng thầu thực hiện dự án tại Việt Nam, dẫn đến công tác quản lý điều hành còn nhiều bất cập. Công tác giải ngân của hiệp định vay bổ sung cũng gặp nhiều vướng mắc do các bên chưa thống nhất được ý kiến pháp lý. Các quy định và chế tài xử lý đối với hợp đồng EPC còn chưa đầy đủ…
Theo Bộ GTVT, trách nhiệm chính trong việc chậm tiến độ và đội vốn của dự án thuộc phía tổng thầu EPC, khi triển khai thiết kế, thi công, quản lý chất lượng, tiến độ của dự án không đảm bảo yêu cầu hợp đồng.
Bộ GTVT và Ban Quản lý dự án đường sắt sẽ chịu trách nhiệm trong công tác quản lý điều hành dự án. Bên cạnh đó, đơn vị tư vấn thiết kế bước lập dự án chịu trách nhiệm về chất lượng lập dự án đầu tư; UBND TP Hà Nội chịu trách nhiệm về việc chậm trễ trong công tác giải phóng mặt bằng; tư vấn giám sát chịu trách nhiệm trong công tác chỉ đạo thi công, quản lý tiến độ, chất lượng, giá thành xây dựng…
Bộ GTVT cho biết đã cùng các bên liên quan quyết liệt chỉ đạo nhưng dự án vẫn chưa thể hoàn thành và có nguy cơ kéo dài do một số nội dung tổng thầu không thực hiện theo chỉ đạo của Bộ GTVT. Bộ GTVT đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Văn phòng Trung ương Đảng, Bộ Ngoại giao và Đại sứ quán Trung Quốc tại Việt Nam để hỗ trợ chỉ đạo và có các giải pháp giải quyết vướng mắc. Đồng thời Bộ GTVT đã chỉ đạo Ban Quản lý dự án đường sắt rà soát các điều khoản trong hợp đồng EPC, xác định rõ trách nhiệm của tổng thầu và các bên liên quan để xử lý, giải quyết các khiếu kiện trong trường hợp cần thiết.
