Văn bản quy phạm pháp luật tuy nhiều nhưng chưa đủ. Thủ tục kiểm tra chuyên ngành của Việt Nam hiện chiếm từ 30% - 35% tổng số thủ tục hải quan nhưng tỷ lệ phát hiện sai sót rất thấp, chỉ chiếm 0,04%; trong khi Ngân hàng Thế giới khuyến cáo, tỷ lệ kiểm tra chuyên ngành chỉ nên chiếm 15% và kiểm tra trên cơ sở đánh giá rủi ro.
Do vậy, để khắc phục các rào cản của kiểm tra chuyên ngành, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ chỉ đạo phải rà soát bất cập trong quy định về thủ tục, giấy tờ kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.
Cụ thể, giao các Bộ Khoa học và Công nghệ, Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với cơ quan liên quan, rà soát thống nhất danh mục hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành theo hướng không chồng chéo đối với cùng một mặt hàng phải qua kiểm tra của nhiều cơ quan. Đồng thời, yêu cầu các bộ quản lý chuyên ngành liên quan khẩn trương ban hành danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc đối tượng kiểm tra chuyên ngành tại khâu thông quan theo đúng nhiệm vụ được giao tại Nghị quyết số 19-2017/NQ-CP.
Đó là làm rõ căn cứ pháp lý và mục đích, yêu cầu quản lý của từng loại chứng từ quản lý, kiểm tra chuyên ngành. Trường hợp xác định những loại chứng từ có tên gọi khác nhau nhưng bản chất nội dung kiểm tra tương tự nhau thì sửa đổi, điều chỉnh theo hướng thống nhất dùng một loại chứng từ để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp. Chậm nhất trong tháng 8-2017, các bộ, ngành phải hoàn thành chương trình mục tiêu, hành động cụ thể thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia và Cơ chế một cửa ASEAN, công khai cho xã hội, doanh nghiệp biết.
Được biết, đến nay đã có 11 bộ, ngành với 39 thủ tục tham gia một cửa quốc gia. 6 tháng đầu năm, cơ chế một cửa quốc gia đã có gần 13.000 doanh nghiệp tham gia xử lý hơn 180.000 hồ sơ (tăng gấp đôi so với cùng kỳ).
Đối với ngành hải quan, đã triển khai cơ chế một cửa quốc gia đường hàng không, đề án quản lý giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu thông qua Cơ chế một cửa quốc gia (năm 2017 thực hiện tại Hải Phòng và Hà Nội, sau đó sẽ mở rộng ra các địa bàn có cảng biển và cảng hàng không lớn).
Bộ Quốc phòng cũng đã xử lý hồ sơ trong lĩnh vực hàng hải tại một số cảng biển quốc tế lớn, dự kiến sẽ mở rộng đủ 9 cảng biển trong năm 2017 và mở rộng hết trong năm 2018.