Chính phủ Indonesia nhận ra tình hình rất muộn. Mãi đến năm 2007 mới có những nghiên cứu nghiêm túc đầu tiên, khi mưa lớn gây lụt lội đến 60% diện tích Jakarta, làm 55 người chết và nửa triệu người phải sơ tán, dịch bệnh hoành hành vì nước tù đọng. Cựu Thống đốc Jakarta Basuki Tjahaja Purnama cho rằng do người dân quăng rác xuống sông làm tắc đường thoát nước nên mới có lụt lội trên diện rộng. Còn Peter Letitre, nhà thủy văn học Hà Lan làm việc tại Jakarta, cùng với nhiều nhà nghiên cứu Indonesia nhận định lụt lội chủ yếu do giới trung lưu tăng lên cùng với hoạt động kỹ nghệ. Ông Peter cho hay: “Trong những năm gần đây, thành phố phát triển nhanh chóng, với những trung tâm thương mại và công sở mới. Vấn đề là để xây dựng, nước ngầm đã bị hút lên. Tệ hơn nữa, do thành phố ngày càng bê tông hóa, nước không thể thấm qua mặt đất để chảy đi. Hậu quả là lượng nước ngầm mất đi không được bù vào, làm cho mặt đất bị lún xuống”.
Theo tờ Liberation, trước tình hình đáng báo động này, phản ứng của chính phủ lại khiến dư luận ngỡ ngàng. Họ cho rằng nước dâng lên, chỉ việc xây tường để chặn lại. Ở Muara Baru, quận trưởng khu phố này đã cho đắp một con đê cao 3m sau trận lụt năm 2007. Hiện con đê bị sóng vỗ liên tục, thủng lỗ chỗ và nước vẫn tiếp tục dâng cao. Cựu Tổng thống Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono đưa ra kế hoạch đầy tham vọng Grand Garuda: một con đê hình đại bàng (biểu tượng của Indonesia) dài 35km ở ngoài khơi Jakarta và những khu phố nổi trên nước như ở Dubai. Dự án này bị chỉ trích vì cần đến 40 tỷ USD, phải giải tỏa rất nhiều khu dân cư, hàng ngàn ngư dân sẽ mất việc và nhất là theo nhà đại dương học Alan Koropitan, con đê khổng lồ này không hiệu quả, đồng thời gây thêm ô nhiễm. Chính phủ đương nhiệm của Tổng thống Joko Widodo đành từ giã giấc mơ siêu đại bàng cùng với thành phố nổi nhưng vẫn giữ ý định xây con đê... Có một thực tế rằng dù có dự án nào được tính đến đi chăng nữa, người dân Indonesia hiện không còn nhiều sự tin tưởng vào các dự án của chính quyền trước tình trạng tham nhũng hiện nay.
Trong lúc chính phủ chưa tìm ra được giải pháp bền vững, theo nhiều chuyên gia, một giải pháp bền vững nhất để cứu vãn Jakarta có lẽ là xây dựng một thủ đô mới. Bởi cuộc sống ở đại đô thị này đã trở nên khó thở, ngoài ngập lụt và ô nhiễm còn là nạn kẹt xe, khi người dân có khi phải mất nhiều giờ để đi được vài cây số. Tháng 4-2017, Tổng thống Joko Widodo cũng từng cho rằng thành phố Palangka Raya trên đảo Borneo có thể trở thành thủ đô mới. Dự án này hiện vẫn nằm trên giấy, nhưng có thể sẽ được đề cập trở lại vào tháng 11 khi những trận mưa lớn lại ập xuống Jakarta.