Nhiều doanh nghiệp kinh doanh, nhập khẩu hạt giống cho rằng, theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu thì các mặt hàng hạt giống rau (cũng như các loại hạt giống cây trồng nông nghiệp khác trong nước chưa sản xuất được) phải được hưởng thuế suất ưu đãi 0%. Thế nhưng từ năm 2018 đến nay, cơ quan hải quan lại yêu cầu doanh nghiệp phải đóng thuế nhập khẩu 10%-15%.
Riêng hạt giống dưa hấu bị truy thu thuế từ năm 2015 đến năm 2018 và buộc áp dụng thuế suất mới là 10% từ năm 2019. Chính sách này khiến các doanh nghiệp hiện nay “kêu trời”.
Trong thông cáo, Tổng cục Hải quan cho biết, về mã số phân loại các loại hạt giống rau, hạt giống dưa, hạt giống bí, căn cứ “Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam” (ban hành kèm theo Thông tư số 65/2017/TT-BTC ngày 27-6-2017 của Bộ Tài chính) thì các mặt hàng hạt dưa, hạt bí được phân loại thuộc nhóm 12.07 - không phân biệt mục đích sử dụng để làm giống hay dùng cho mục đích khác là đúng theo các quy định của pháp luật về phân loại, xác định mã số hàng hóa.
Tổng cục Hải quan đã có 4 công văn hướng dẫn về nội dung này từ tháng 6-2019 đến tháng 4-2020.
Về chính sách ưu đãi miễn thuế (0%) đối với giống cây trồng, Tổng cục Hải quan thông tin: Vào ngày 11-6-2020, đã ban hành công văn số 3864/TCHQ-TXNK chỉ đạo cục hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện thủ tục miễn thuế đối với mặt hàng hạt giống rau, hạt giống dưa và hạt giống bí nhập khẩu theo quy định tại khoản 12 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (năm 2016) và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ.
Trong công văn số 3864, Tổng cục Hải quan cho biết, tại Điều 18 Nghị định số 134 của Chính phủ quy định, giống cây trồng, vật nuôi trong nước chưa sản xuất được, cần thiết nhập khẩu để phục vụ trực tiếp cho hoạt động nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp thì được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 12 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Trong đó, theo Tổng cục Hải quan, căn cứ để xác định “hàng hóa trong nước chưa sản xuất được” thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Còn căn cứ để xác định “hàng hóa nhập khẩu thuộc danh mục giống cây trồng, vật nuôi cần thiết nhập khẩu” thực hiện theo quy định của Bộ NN-PTNT. Bộ NN-PTNT là cơ quan ban hành danh mục hoặc tiêu chí để xác định giống cây trồng, giống vật nuôi cần thiết nhập khẩu.
Do đó, Tổng cục Hải quan đề nghị cục hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn doanh nghiệp nhập khẩu các mặt hàng hạt giống rau, hạt giống dưa liên hệ với Bộ NN-PTNT xác nhận là giống cây trồng cần thiết nhập khẩu làm cơ sở để thực hiện miễn thuế theo quy định.