Thứ nhất, tiểu vùng trung tâm (gồm TPHCM, khu vực phía Nam tỉnh Bình Dương và Tây Nam tỉnh Đồng Nai), tập trung phát triển dịch vụ chất lượng cao, dịch vụ tài chính quốc tế, giáo dục - đào tạo, y tế, công nghiệp công nghệ cao và chuyên sâu, đầu mối giao thương quốc tế.
Thứ hai, tiểu vùng ven biển (gồm khu vực Cần Giờ của TPHCM và tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu) tập trung phát triển kinh tế biển (cảng biển, logistics, dịch vụ hậu cần cảng biển, dịch vụ bảo đảm an toàn hàng hải; công nghiệp khai thác, chế biến dầu khí, hóa dầu; du lịch biển, đảo; khai thác, nuôi trồng và chế biến thủy sản). Tại đây cũng sẽ hình thành khu thương mại tự do tại khu vực Cái Mép Hạ. Tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu được phát triển thành trung tâm kinh tế biển quốc gia, thành phố Vũng Tàu là trung tâm du lịch chất lượng cao đẳng cấp quốc tế.
Thứ ba, tiểu vùng phía Bắc (gồm Tây Ninh, Bình Phước và khu vực phía Bắc của Đồng Nai, Bình Dương) tập trung phát triển kinh tế cửa khẩu, kho vận, công nghiệp chế biến nông, lâm sản; khu vực mở rộng không gian phát triển công nghiệp của vùng; trồng cây công nghiệp; bảo vệ nguồn nước, hệ sinh thái rừng và đa dạng sinh học.
