Cụ thể, trên rạch Trau Trảu gồm bến hoạt động cách ngã ba rạch Ông Nhiêu - rạch Trau Trảu 300m, thuộc phường Tăng Nhơn Phú B và bến kinh doanh vật liệu tại vị trí bờ trái rạch, cách cầu Trau Trảu về phía hạ lưu 600m thuộc phường Trường Thạnh; trên sông Tắc có bến kinh doanh vật liệu xây dựng trái phép cách cầu Trường Phước 500m về phía hạ lưu thuộc phường Phước Long; trên sông Đồng Nai có bến dài 300m nuôi cá bè thuộc phường Long Bình…
Ngoài ra, có 8 bến thủy nội địa giấy phép hoạt động đã hết hạn. Cụ thể, bến Tăng Long của ông Huỳnh Đình Cư và bến Năm Minh của ông Nguyễn Minh Hậu (trên rạch Trau Trảu); bến Nhật Phong của Công ty TNHH MTV XD-TM-DV Nhật Phong và bến T.C.T2 của Công ty TNHH Xây dựng T.C.T (trên rạch Gò Công); bến T.C.T1 của Công ty TNHH Xây dựng T.C.T, bến Phụng Hiệp của Công ty TNHH MTV ĐT-XD Phụng Hiệp, bến Hồ Gia của Công ty TNHH XD - TM - DV Hồ Gia (rạch Bà Cua) thuộc phường Phú Hữu; bến của bà Nguyễn Thị Nga (trên sông Đồng Nai) thuộc phường Long Bình, quận 9.
Theo nhận định của đoàn kiểm tra liên ngành, các bến hoạt động không phép và giấy phép hết hạn trên có nguy cơ gây mất an toàn giao thông đường thủy cao. Nhằm bảo đảm an toàn giao thông đường thủy, Sở GTVT đề nghị UBND quận 9 chỉ đạo các đơn vị chức năng kiểm tra, xử lý nghiêm các bến hoạt động không phép và hết hạn giấy phép.
Đặc biệt, các bến đang hoạt động không phép trong hành lang an toàn bảo vệ bờ sông, kênh rạch trên địa bàn quận 9. Công an TPHCM phối hợp với các sở ngành liên quan kiểm tra các bến hoạt động không phép nêu trên và xử lý nghiêm hành vi vi phạm đối với các bến này. Cảng vụ Đường thủy nội địa khu vực III (đơn vị quản lý các bến trên sông Đồng Nai), Cảng vụ Đường thủy nội địa TPHCM, Thanh tra Sở GTVT phối hợp kiểm tra, xử lý nghiêm các trường hợp bến hoạt động không phép và bến giấy phép hết hạn. Cảng vụ Đường thủy nội địa khu vực III, Cảng vụ Đường thủy nội địa TP tổng hợp và đề xuất Sở GTVT đình chỉ hoạt động các bến giấy phép hết hạn.