Dự án này được đầu tư theo hình thức hợp đồng BT, có tổng mức đầu tư 2.050,787 tỷ đồng gồm 1.970,787 tỷ đồng vốn BT và 80 tỷ đồng vốn từ ngân sách TP Đà Nẵng (để hỗ trợ công tác giải phóng mặt bằng).
Theo nghị quyết của Quốc hội về điều chỉnh kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016–2020, dự án đã được bố trí 553,954 tỷ đồng trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016 – 2020 của Bộ Giao thông Vận tải; dự kiến bố trí bổ sung 1.097,71 tỷ đồng từ nguồn dự phòng chung kế hoạch đầu tư công trung hạn. Số vốn còn thiếu (hơn 727 tỷ đồng) sẽ được cân đối trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021 – 2025.
Do vướng mắc về việc thanh toán vốn (bố trí kế hoạch vốn qua Bộ Giao thông Vận tải hay qua UBND TP Đà Nẵng) nên đến nay dự án chưa được bố trí vốn để thanh toán cho nhà đầu tư.
Chính phủ đề xuất điều chỉnh vốn từ Bộ Giao thông Vận tải về UBND TP Đà Nẵng để thực hiện nghĩa vụ thanh toán của Nhà nước và tháo gỡ vướng mắc trong thủ tục thanh toán hiện nay. Theo đó, điều chỉnh giảm kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 và kế hoạch vốn năm 2020 của Bộ số tiền 1.651,664 tỷ đồng, đồng thời, giao bổ sung kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 và kế hoạch vốn năm 2020 cho UBND TP Đà Nẵng số tiền 1.651,664 tỷ đồng để thanh toán cho các nhà đầu tư thực hiện dự án.
Tại phiên họp, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội Nguyễn Đức Hải cho biết, sau khi thực hiện thẩm tra, Ủy ban đồng ý với đề xuất của Chính phủ.
Sau khi lãnh đạo Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Giao thông Vận tải giải trình thêm về lý do chuyển dự án từ Bộ về địa phương, bố trí vốn còn thiếu..., UBTVQH đã thông qua đề xuất của Chính phủ và giao Chính phủ bố trí đủ nguồn cho dự án, chỉ thanh toán khi đã có kết quả kiểm toán.
