Theo Bộ GTVT, trạm BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài thực hiện thu hồi vốn cho dự án đường tránh Vĩnh Yên (Vĩnh Phúc), nhưng lại đặt trên địa bàn Hà Nội. Vào thời điểm chưa có đại lộ Võ Nguyên Giáp, trạm thu phí này án ngữ ngay cửa ngõ vào nội đô Hà Nội, gây ùn tắc và ảnh hưởng tới hình ảnh trong mắt bạn bè quốc tế.
Từ năm 2013, Bộ GTVT từng 2 lần kiến nghị Thủ tướng di dời trạm BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài về Quốc lộ 2 (phạm vi dự án) hoặc nhà nước bỏ tiền mua lại dự án. Tuy nhiên, Thủ tướng đã quyết định vẫn giữ nguyên trạm BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài.
Mới đây, UNBD TP Hà Nội tiếp tục kiến nghị di dời, dỡ bỏ trạm BOT Bắc Thăng Long-Nội Bài, Bộ GTVT sẽ tiếp tục báo cáo Thủ tướng xem xét quyết định.
Theo kiến nghị của UBND Hà Nội, nhiều năm qua cử tri đã bày tỏ sự bức xúc về trạm BOT Bắc Thăng Long- Nội Bài đặt sai vị trí và đề xuất thành phố có kiến nghị lên Bộ GTVT trình Chính phủ xem xét giải quyết dứt điểm vấn đề này.
Dự án xây dựng Quốc lộ 2, đoạn tránh thành phố Vĩnh Yên (tỉnh Vĩnh Phúc) có tổng mức đầu tư 615 tỷ đồng. Theo hợp đồng được ký kết giữa Bộ GTVT và Công ty Cổ phần BOT Vietracimex 8, nhà đầu tư được sử dụng trạm BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài để hoàn vốn đầu tư, bắt đầu từ 1-1-2011. Thời gian thu hoàn vốn là 16 năm 10 tháng 11 ngày.