Samco đề xuất phương án chuyển toàn bộ các tuyến thành 2 giai đoạn. Giai đoạn đầu, dự kiến di dời từ ngày 11-10, có 75 tuyến đang đăng ký hoạt động, chiếm khoảng 54% số tuyến tại bến xe hiện hữu, với bình quân hơn 1.000 chuyến/ngày, số lượng phương tiện di dời khoảng 1.689 xe. Giai đoạn tiếp theo, khi bến xe mới hoạt động ổn định, sẽ di dời 63 tuyến còn lại.
Samco cũng kiến nghị Sở GTVT TPHCM làm việc với sở GTVT các tỉnh, thành liên quan để hướng dẫn các đơn vị vận tải thực hiện đầy đủ các thủ tục chuyển sang hoạt động tại Bến xe Miền Đông mới.
Bên cạnh đó, Sở GTVT TPHCM xem xét tổ chức gom các đầu bến trong khu vực và điều chỉnh, mở mới các tuyến xe buýt; đôn đốc các đơn vị có liên quan sớm đưa các công trình giao thông vào khai thác để kết nối giao thông thuận lợi cho hoạt động của bến xe mới.