Đánh giá chung, UBND TP cho rằng mô hình BQLATTP kết hợp lực lượng từ 3 sở Y tế, Công thương, NN-PTNT đã giải quyết hạn chế về cơ chế phối hợp giữa các sở ngành và đầu mối chịu trách nhiệm trước UBND TP về công tác quản lý ATTP; phát huy sức mạnh khi tập hợp lực lượng, thống nhất đầu mối trong giải quyết công việc.
Tuy nhiên cũng có khó khăn là trong thời gian thí điểm, BQLATTP được giao nhiệm vụ của một cơ quan tương đương cấp sở, nhưng các cơ chế và quy định pháp luật trong một số trường hợp không có hướng dẫn cụ thể của các bộ ngành có liên quan cho mô hình thí điểm là BQLATTP, nên còn nhiều lúng túng trong thực tế. Từ đó, UBND TPHCM đề xuất BQLATTP chính thức trở thành Sở ATTP TPHCM, chịu sự quản lý chuyên môn của 3 bộ Y tế, Công thương, NN-PTNT.
TPHCM cũng đề xuất có quy định hướng dẫn chung từ các bộ chuyên ngành, theo đó nông sản, thực phẩm khi đưa vào tiêu thụ trên thị trường phải được kiểm tra và chứng nhận từ gốc; có quy định về biện pháp xử lý ngăn chặn vi phạm như đình chỉ kinh doanh, tạm giữ lô hàng, điều kiện bảo quản hàng hóa trong thời gian chờ kết quả phân tích định lượng để xử lý theo quy định của pháp luật. Nguyên nhân là do đặc thù hoạt động của chợ đầu mối diễn ra ngay trong đêm.
Để có cơ sở xử lý các trường hợp nông sản thực phẩm tươi sống bị nhiễm khuẩn hoặc tồn dư hóa chất, chất cấm, phải có kết quả phân tích định lượng tại phòng kiểm nghiệm được chỉ định. Kết quả này thường mất 2 - 4 ngày mới có. Khi có kết quả dương tính thì lô hàng đã được phân phối, không còn tại chợ. Do vậy việc xử lý chỉ có thể bằng hình thức phạt tiền, còn việc tịch thu, tiêu hủy không thể thực hiện được.
