Đây là các ga hiện có trên các tuyến chính đường sắt quốc gia đang khai thác thường xuyên.
Cụ thể, 15 ga được đề xuất gồm: Đồng Đăng, Yên Trạch, Kép, Sen Hồ (trên tuyến Hà Nội - Đồng Đăng); Ninh Bình, ga nối cảng Nghi Sơn (Khoa Trường hoặc Trường Lâm), Vinh, ga nối Cảng Cửa Lò (dự kiến tại Nghi Long hoặc Quán Hành), Kim Liên, Diêu Trì, Nha Trang, Vĩnh Trung, Tháp Chàm, Cà Ná (trên tuyến Hà Nội - TPHCM); Cao Xá (tuyến Hà Nội - Hải Phòng).
Trong đó, trên tuyến Hà Nội - TPHCM: ga Ninh Bình kết nối cụm cảng thủy nội địa Ninh Bình - Ninh Phúc; ga Khoa Trường (hoặc ga Trường Lâm) phục vụ khu kinh tế Nghi Sơn; ga Nghi Long (hoặc ga Quán Hành) kết nối với cảng Cửa Lò; ga Kim Liên kết nối cảng Liên Chiểu; ga Diêu Trì kết nối cảng cạn Quy Nhơn; ga Cà Ná kết nối cảng Cà Ná. Các ga Vinh, Nha Trang, Vĩnh Trung, Tháp Chàm phục vụ du lịch.
Trên tuyến Hà Nội - Đồng Đăng, ga Đồng Đăng là liên vận quốc tế; ga Yên Trạch kết nối cảng cạn; ga Kép kết nối cảng cạn Bắc Giang; ga Sen Hồ có kết nối với khu cảng cạn và logistics Sen Hồ của tỉnh Bắc Giang.
Đối với tuyến Hà Nội - Hải Phòng, ga Cao Xá (tỉnh Hải Dương) đưa vào quy hoạch vì ga có kết nối với đường thủy, các khu công nghiệp, định hướng đầu tư để đến 2030 là ga liên vận quốc tế.
Theo đơn vị tư vấn, các ga này sẽ được quy hoạch chức năng, vị trí, quy mô, năng lực các ga; phương án kết nối giao thông vào nhà ga, bãi hàng; phương án chỉnh trang, mở rộng các khu chức năng, kéo dài đường ga; phương án quy hoạch các bãi hàng, kho ga và năng lực xếp dỡ hàng hóa; phương án quy hoạch nhà ga hành khách và các khu chức năng; định hướng bố trí hệ thống thông tin tín hiệu, cấp điện, cấp thoát nước...
