Theo đề án, trong giai đoạn 2021-2025, Tổng Công ty ĐSVN theo hướng đổi mới sáng tạo, điều chỉnh linh hoạt cơ cấu, quy mô tổ chức sản xuất, nâng cao chất lượng quản trị doanh nghiệp, với mục tiêu cụ thể là trong năm 2023 đưa Tổng Công ty ĐSVN thoát khỏi tình trạng thua lỗ và từng bước có lãi bù đắp khoản lỗ lũy kế của các năm trước.
Với mục tiêu tập trung vào lĩnh vực kinh doanh chính, không dàn trải và dứt khoát xử lý các đơn vị, dự án đầu tư thua lỗ, kém hiệu quả, Tổng Công ty ĐSVN sẽ không tiến hành cổ phần hóa đơn vị nào trong giai đoạn này, nhưng tiến hành thoái vốn, cơ cấu lại các công ty cổ phần, công ty liên kết có vốn góp của Tổng Công ty.
Về phương án vốn, Tổng Công ty ĐSVN sẽ giữ nguyên tỷ lệ phần vốn Nhà nước nắm giữ trên vốn điều lệ của Công ty cổ phần Xe lửa Dĩ An là 86,85% và Công ty cổ phần Xe lửa Gia Lâm là 77,37%; giữ nguyên mô hình tổ chức và duy trì tỷ lệ phần vốn góp trên 51% vốn điều lệ đối với 15 công ty cổ phần đường sắt và 5 công ty cổ phần thông tin tín hiệu đường sắt.
Tổng Công ty ĐSVN cũng sẽ giữ nguyên tỷ lệ phần vốn Nhà nước nắm giữ trên vốn điều lệ của Công ty cổ phần Đá Đồng Mỏ là 51%, Công ty cổ phần Đá Mỹ Trang là 44,44%, Công ty cổ phần Vận tải và thương mại đường sắt là 18,45%.
Đồng thời, Tổng Công ty ĐSVN thoái toàn bộ vốn Nhà nước tại 13 công ty cổ phần; chưa thực hiện thoái vốn đối với Công ty TNHH 2 thành viên Khách sạn thương mại Sài Gòn và Công ty cổ phần Mặt trời - Đường sắt Việt Nam; giữ nguyên mô hình tổ chức của 12 chi nhánh khai thác đường sắt; thành lập mới Trung tâm Khoa học công nghệ và Dịch vụ.
Đặc biệt, Tổng Công ty ĐSVN sẽ tiến hành hợp nhất Công ty cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội và Công ty cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn thành Công ty cổ phần Vận tải đường sắt.
