Theo tờ trình, Sở VH-TT TPHCM đề xuất công trình do Ban quản lý đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp (thuộc UBND TPHCM) làm chủ đầu tư, địa điểm xây dựng tại Khu công viên Lịch sử - Văn hóa dân tộc quận 9, TPHCM. Diện tích khu đất là 8ha, với tổng mức đầu tư hơn 1.430 tỷ đồng, thời gian thực hiện dự kiến từ năm 2020 - 2025. Tổng diện tích sàn xây dựng khối công trình khoảng 52.000m2, diện tích không gian ngoài trời khoảng 50.000m2. Bảo tàng TPHCM sẽ có quy mô, cấu trúc hệ thống trưng bày gồm 5 khu chức năng chính và các khu chức năng phụ trợ như: khối trưng bày chính, khối trưng bày chuyên đề, khối trưng bày có thời hạn, không gian trưng bày ngoài trời, không gian khám phá sáng tạo dành cho đối tượng trẻ…
Khi đề án xây dựng Bảo tàng TPHCM hoàn tất, bảo tàng đi vào hoạt động thì cơ sở vật chất của bảo tàng hiện nay (đường Lý Tự Trọng, quận 1), bao gồm cả công trình là di tích cấp quốc gia sẽ phát huy tác dụng của một di tích kiến trúc nghệ thuật gắn với văn hóa, lịch sử của TPHCM; đồng thời là nơi trưng bày triển lãm chuyên đề và tổ chức các hoạt động, sự kiện văn hóa, chính trị, ngoại giao của thành phố. Bảo tàng TPHCM hiện hữu sẽ tiếp tục hoạt động như một chi nhánh của Bảo tàng TPHCM (mới).
Sở VH-TT TPHCM cũng kiến nghị: Bảo tàng TPHCM là công trình văn hóa mang ý nghĩa biểu tượng của thành phố, một trong những công trình trọng điểm theo Nghị quyết Đại hội Đảng bộ TP lần thứ X, là dự án ưu tiên đầu tư giai đoạn 2011-2015 trong Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội TPHCM đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2025. Do đó, đề nghị được áp dụng một số cơ chế đặc thù, trong đó cho phép mời tư vấn quản lý dự án, tư vấn thiết kế, có thể mời tư vấn nước ngoài, đề xuất các phương án thiết kế kiến trúc để lựa chọn nhưng không tổ chức thi quốc tế.