Tuy nhiên, theo các chuyên gia, thách thức lớn nhất của các chủ thể, trong đó có doanh nghiệp, viện, trường cũng như các tổ chức khoa học công nghệ (KH-CN) Việt Nam là tìm được đầu ra cho các sản phẩm nghiên cứu; làm sao cho các sản phẩm này đi vào thực tế. Nhiều đơn vị, tổ chức, doanh nghiệp chưa xây dựng được chính sách về SHTT và quy chế hoạt động của đơn vị trong lĩnh vực này, do đó gặp nhiều khó khăn trong các khâu khuyến khích sáng tạo, xác lập quyền, chuyển giao công nghệ và thương mại hóa. Từ thực tế đó dẫn tới việc chưa phát huy hết nội lực đổi mới sáng tạo, chưa tạo lập được các quyền SHTT, kéo theo đó là không có các hoạt động chuyển giao công nghệ, thương mại hóa theo đúng nghĩa.
Năm 2019, lần đầu tiên đơn sáng chế của người Việt Nam vượt mốc 1.000 đơn (đạt 1.128 đơn, tăng 42% so với cùng kỳ năm 2018). Trong đó, có đóng góp một phần không nhỏ của các trường đại học và viện nghiên cứu thông qua các công bố quốc tế, đặc biệt là những bài báo trên các tạp chí ISI, tăng nhanh. Tuy nhiên, khác với các doanh nghiệp, tổ chức khoa học độc lập, các trường đại học, viện nghiên cứu gặp rất nhiều khó khăn trong việc bảo hộ, đăng ký hoặc thương mại hóa các nghiên cứu khoa học được công bố của mình. Tại các trường đại học lớn trên thế giới, vấn đề SHTT đã được thực thi tương đối thường xuyên, liên tục nhằm góp phần nâng cao chất lượng các công trình nghiên cứu khoa học và khẳng định thương hiệu của các trường đại học. Trong khi đó, ở Việt Nam, SHTT trong trường đại học vẫn khá mới mẻ. Thời gian qua, đã có một số trường triển khai hoạt động SHTT, bắt đầu thành lập bộ phận chuyên trách về SHTT, nhưng hoạt động vẫn còn lúng túng.
Hiện nay, Bộ KH-CN đã kết nối được mạng lưới 30 trung tâm SHTT và chuyển giao công nghệ trong các trường đại học, viện nghiên cứu. Trong số 30 thành viên này, có 20 viện nghiên cứu/trường đại học đăng ký tham gia dự án “Khởi tạo môi trường sở hữu trí tuệ” do WIPO hỗ trợ. Trong giai đoạn tới, để giải quyết những vấn đề khó khăn nói trên, Bộ KH-CN sẽ tập trung nguồn lực để mạng lưới trung tâm SHTT và chuyển giao công nghệ trong các viện nghiên cứu, trường đại học vận hành ổn định, giúp cho các trường đại học, viện nghiên cứu tăng cường năng lực nội tại trong việc xác lập quyền SHTT và chuyển giao công nghệ, đặc biệt là chú trọng vào việc tăng số lượng sáng chế của Việt Nam cũng như thúc đẩy các hoạt động chuyển giao công nghệ, thương mại hóa tài sản trí tuệ. Phó Cục trưởng Cục SHTT Phan Ngân Sơn cho biết, để đưa kết quả nghiên cứu khoa học trở thành sản phẩm, dịch vụ thương mại trên thị trường và kết nối với doanh nghiệp, chuyên gia… cần sự nỗ lực, tham gia của nhiều cơ quan, bộ, ngành nhưng trong đó lĩnh vực SHTT đóng một vai trò quan trọng trong chuỗi các hoạt động nghiên cứu - xác lập quyền - chuyển nhượng quyền - thương mại hóa. Để có thể làm được điều đó, việc củng cố bộ máy chuyên nghiệp về SHTT là cần thiết, tăng cường năng lực quản trị tài sản trí tuệ là quan trọng. Bên cạnh đó, việc hợp tác giữa các doanh nghiệp và viện, trường cũng như các tổ chức KH-CN trong việc định hướng nghiên cứu, phát triển sản phẩm phải được xem là khâu then chốt.
