Qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện nhiều vi phạm xảy ra tại TKV, trong đó nổi lên là việc Hội đồng thành viên và Tổng Giám đốc TKV đã quyết định chủ trương và quản lý quá trình thực hiện đầu tư tài chính thuộc ngành nghề kinh doanh chính thiếu cơ sở pháp lý và thực tiễn, vi phạm các quy định của pháp luật, bảo lãnh trả nợ vay vượt thẩm quyền.
Những vi phạm trên đã dẫn tới hậu quả là một số khoản đầu tư không đạt hiệu quả, thua lỗ, mất vốn với giá trị rất lớn.
Cụ thể, Công ty liên doanh Công nghiệp Kẽm Việt Thái lỗ hơn 197 tỷ đồng, mất hết vốn chủ sở hữu và nợ Công ty TNHH MTV Kim loại màu Thái Nguyên hơn 24,6 tỷ đồng; xác nhận bảo lãnh vượt thẩm quyền dẫn đến Công ty TNHH MTV Kim loại màu Thái Nguyên phải có trách nhiệm xử lý khoản nợ phải trả cho Ngân hàng Eximbank Thái Lan cả gốc và lãi hơn 13 triệu USD.
Trong khi đó, tại Công ty CP Cromit Cổ Định, Thanh Hóa, TKV quyết định thực hiện đầu tư hơn 436,95 tỷ đồng khi chưa đủ điều kiện cần thiết, chưa được gia hạn giấy phép khai thác quặng, lỗ lũy kế đến ngày 30-6-2015 là 113,5 tỷ đồng.
TKV cũng góp vốn hơn 870 tỷ đồng tại Công ty CP sắt Thạch Khê nhưng thiếu sự khảo sát, tính toán kỹ về các điều kiện cần thiết và hiệu quả đầu tư dẫn đến đọng vốn trong thời gian dài, lãng phí. Một số khoản đầu tư khác không được TKV điều tra, khảo sát kỹ để lập, thẩm định, phê duyệt phương án và quyết định đầu tư phù hợp với thực tế và quy định dẫn đến lỗ, mất vốn hơn 380 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ cũng kết luận chỉ rõ Hội đồng thành viên và Tổng Giám đốc TKV chưa chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật trong việc xây dựng, phê duyệt phương án đầu tư, quyết định chủ trương góp vốn cổ phần, sử dụng nguồn vốn không đúng quy định để đầu tư ra ngoài ngành nghề kinh doanh chính dẫn đến không có hiệu quả, nguy cơ mất vốn như: Vụ đầu tư tại Công ty CP Vận tải thủy Vinacomin, lỗ lũy kế hơn 140 tỷ đồng, mất hết vốn đầu tư của các cổ đông, tổng nợ phải trả là trên 446 tỷ đồng, không còn khả năng thanh toán nợ ngắn hạn.
Trước những vi phạm xảy ra tại TKV, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an chỉ đạo cơ quan điều tra tiếp nhận hồ sơ của Thanh tra Chính phủ sớm xem xét, điều tra, để xử lý trách nhiệm đối với 14 trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
Đồng thời, Thanh tra Chính phủ cũng đề nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Công thương và UBND các tỉnh (Thanh Hóa, Lào Cai, Quảng Ninh, Hà Tĩnh) xem xét chỉ đạo và thực hiện xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền đối với các cơ quan, đơn vị và cá nhân có liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm cơ quan thanh tra đã nêu.
Về xử lý kinh tế, Thanh tra Chính phủ cho biết, tổng số tiền và đất đai qua thanh tra phát hiện cần kiến nghị xử lý là trên 14.882 tỷ đồng và hơn 6,6 triệu m² nhà, đất. Trong đó phải thu hồi về ngân sách Nhà nước trên 1.872 tỷ đồng và tiền sử dụng đất của hơn 6,6 triệu m² nhà, đất.
Liên quan tới kết luận thanh tra tại TKV, Văn phòng Chính phủ đã thông báo kết luận của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình cơ bản đồng ý với nội dung kiến nghị của Thanh tra Chính phủ. Về 14 trường hợp Thanh tra Chính phủ kiến nghị chuyển cơ quan điều tra, Phó Thủ tướng giao Thanh tra Chính phủ chủ trì, phối hợp với cơ quan điều tra thuộc Bộ Công an, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao rà soát kỹ để thống nhất biện pháp xử lý.
