Theo đó, trong bản Kết luận điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra cho biết, tháng 8-2007, bị can Vũ Huy Hoàng được bổ nhiệm giữ chức vụ Bộ trưởng Bộ Công thương, lãnh đạo và quản lý toàn diện các mặt công tác của Bộ Công Thương; chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ và Quốc hội về quản lý ngành Công thương; thực hiện quyền, trách nhiệm, nghĩa vụ của chủ sở hữu nhà nước đối với doanh nghiệp Nhà nước và vốn Nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp khác (trong đó có Tổng Công ty Sabeco).
Bị can Vũ Huy Hoàng tại cơ quan điều tra. Ảnh: Bộ Công an Bị can Hoàng biết khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng (Quận 1, TPHCM) đã được sắp xếp, giao cho Bộ Công thương, Tổng Công ty Sabeco (là doanh nghiệp Nhà nước thuộc Bộ Công thương vốn Nhà nước chiếm 89,59%) để quản lý, sử dụng, đầu tư, xây dựng khách sạn 6 sao, trung tâm thương mại, trung tâm hội nghị, hội thảo, văn phòng cho thuê và không được thành lập pháp nhân mới. Nhưng, bị can Vũ Huy Hoàng vẫn chấp thuận chủ trương, chỉ đạo để bộ phận quản lý vốn nhà nước tại Tổng Công ty Sabeco triển khai thực hiện việc liên doanh, liên kết thành lập Công ty Sabeco Pearl trái với quy định để đầu tư dự án.
Căn cứ ý kiến phê duyệt, chỉ đạo của bị can Vũ Huy Hoàng, bị can Hồ Thị Kim Thoa (cựu Thứ trưởng Bộ Công thương hiện đang bị truy nã), ông Phan Đăng Tuất (Chủ tịch HĐQT, phụ trách bộ phận quản lý vốn nhà nước tại Tổng Công ty Sabeco đã ký Công văn số 374/BSG-ĐT, kèm theo các văn bản chấp thuận của Bộ Công thương đề nghị UBND TPHCM chấp thuận cho Công ty Sabeco Pearl được làm chủ đầu tư dự án, thực hiện nghĩa vụ tài chính và chuyển quyền sử dụng đất từ Tổng Công ty Sabeco sang Công ty Sabeco Pearl, để từ đó các sở, ngành thuộc UBND TPHCM tham mưu cho bị can Nguyễn Hữu Tín (nguyên Phó Chủ tịch UBND TPHCM) ký ban hành Quyết định số 3186/QĐ-UBND cho Công ty Sabeco Pearl thuê đất trái các quy định pháp luật.
Ngay sau khi Công ty Sabeco Pearl được làm chủ đầu tư và được chuyển quyền sử dụng đất (tháng 6-2015), mặc dù chưa triển khai hoạt động nhưng đến tháng 2-2016, lợi dụng chủ trương thoái vốn của Chính phủ và sau khi nhận được 2 văn bản của nhóm các cố đông sáng lập của Công ty Sabeco Pearl đề nghị bị can Vũ Huy Hoàng chỉ đạo Tống Công ty Sabeco thoái 26% vốn góp và đề nghị được mua lại phần vốn góp này, bị can Vũ Huy Hoàng đã quyết liệt chỉ đạo Tổng Công ty Sabeco đẩy nhanh thực hiện thủ tục thoái vốn và phê duyệt giá khởi điểm để đấu giá là 13.247 đồng/cổ phần; không xem xét đánh giá chỉ tiêu quy hoạch, kiến trúc của dự án đã được UBND TPHCM chấp thuận bổ sung thêm chức năng căn hộ ở, thoái toàn bộ 26% vốn góp của Tổng Công ty Sabeco tại Công ty Sabeco Pearl với giá khởi điểm là 13.247 đồng/cổ phần.
Cơ quan Điều tra cho rằng, bằng các thủ đoạn thực hiện hành vi phạm tội nêu trên của bị can Vũ Huy Hoàng, quyền sử dụng khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng có diện tích 6.080m² bị dịch chuyển từ doanh nghiệp Nhà nước sang doanh nghiệp tư nhân. Hậu quả, thiệt hại, thất thoát và lãng phí do hành vi phạm tội của bị can Vũ Huy Hoàng và đồng phạm gây ra cho ngân sách Nhà nước trong công tác quản lý, khai thác và sử dụng khu đất trên xảy ra trong một thời gian dài là đặc biệt lớn.
Tại cơ quan điều tra, bị can Vũ Huy Hoàng chỉ thừa nhận trách nhiệm với vai trò là người đứng đầu Bộ Công Thương, bị can Hoàng cho rằng trách nhiệm chính thuộc về bà Hồ Thị Kim Thoa (Thứ trưởng phụ trách trực tiếp Vụ Công nghiệp nhẹ, Tổng Công ty Sabeco); việc chấp thuận cho Công ty Sabeco Pearl được làm chủ đầu tư dự án, được thuê đất tại khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng thuộc thẩm quyền, trách nhiệm của UBND TPHCM. Bị can Hoàng cho rằng, mình chỉ nêu chủ trương chứ không kết luận, phê duyệt giá khởi điếm đế đấu giá. Việc thực hiện thoái vốn thuộc trách nhiệm của Tổng Công ty Sabeco.
“Hành vi trên của bị can Vũ Huy Hoàng diễn ra trong một thời gian dài, có tính hệ thống, cố ý làm trái các quy định của pháp luật, chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây hậu quả thiệt hại đặc biệt lớn cho Ngân sách Nhà nước, đã cấu thành tội “Viphạm quy định vê quản lý tài sản Nhà nước gây that thoát, lãng phí”, kết luận điều tra nêu.
