Theo kết luận điều tra, tháng 11-2000, Công ty Tân Thuận được UBND huyện Nhà Bè giao nhiệm vụ đầu tư xây dựng dự án Phước Kiển, xã Phước Kiển, được Ban Tài chính Quản trị Thành ủy (nay là Văn phòng Thành ủy) chấp thuận chủ trương cho đầu tư.
Tháng 8-2016, Công ty Cổ phần Quốc Cường Gia Lai (gọi tắt là Công ty Quốc Cường Gia Lai) có văn bản đề nghị hợp tác đầu tư với tỷ lệ 75:25 hoặc xin nhận chuyển nhượng 100% dự án Phước Kiển.
Ông Trần Công Thiện (Tổng Giám đốc Công ty) chỉ đạo ông Nguyễn Xuân Tùng (Trưởng Phòng Kinh tế tổng hợp) thuê Công ty TNHH Kiểm toán và Dịch vụ tin học TPHCM ban hành chứng thư thẩm định giá xác định diện tích 32ha đất tại dự án Phước Kiển là 1,05 triệu đồng/m2 với mục đích là “Tư vấn giá trị đất để phục vụ đánh giá hiệu quả sản xuất kinh doanh của công ty”.
Ngày 5-6-2017, Công ty Tân Thuận ký hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng 32ha đất cho Công ty Quốc Cường Gia Lai do bà Nguyễn Thị Như Loan làm đại diện với giá 1,29 triệu đồng/m2. Đồng thời, công ty này đã nhận của Công ty Quốc Cường Gia Lai 374 tỷ đồng cùng thuế VAT là 23 tỷ đồng.
Ngày 8-5-2018, hai công ty đã ký hợp đồng hủy bỏ Hợp đồng chuyển nhượng lô đất trên. Công ty Tân Thuận trả lại cho Công ty Quốc Cường Gia Lai số tiền 374 tỷ đồng, tiền thuế VAT là 23 tỷ đồng và tiền lãi là 21 tỷ đồng dẫn tới gây thiệt hại cho tài sản nhà nước 167,8 tỷ đồng.
Còn đối với 32.967m2 đất thuộc khu dự án Ven Sông tại phường Tân Phong, quận 7 thì Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng toàn bộ khu đất này cho Công ty Quốc Cường Gia Lai với giá 20 triệu đồng/m2. Việc này dẫn tới thiệt hại cho Nhà nước là hơn 80 tỷ đồng.
Cơ quan ANĐT cho hay, đối với bà Nguyễn Thị Như Loan, đơn vị sẽ tiếp tục xem xét xử lý trách nhiệm trên cơ sở kết luận giám định của Bộ Tài chính, Bộ Tài nguyên - Môi trường, Bộ Kế hoạch - Đầu tư và kết quả điều tra. Đơn vị cũng truy thu số tiền 21 tỷ đồng Công ty Quốc Cường Gia Lai nhận của Công ty Tân Thuận khi 2 công ty thoả thuận hủy hợp đồng.
Thời điểm Công ty Tân Thuận và Công ty Quốc Cường ký hợp đồng chuyển nhượng 1 phần đất dự án khu dân cư Ven Sông tháng 7-2017 và thời điểm khởi tố vụ án nên chưa có cơ sở để xác định trách nhiệm dân sự cụ thể đối với các bị can trong vụ án tại thời điểm này.