Cơ quan điều tra đề nghị truy tố 4 bị can Trần Bửu Long (SN 1962, nguyên Phó Giám đốc Quỹ BLTD TPHCM), Hà Văn Dương (SN 1966, nguyên Trưởng phòng Nghiệp vụ Quỹ BLTD TPHCM), Võ Kế Trí (SN 1973, nguyên Phó Trưởng phòng Nghiệp vụ Quỹ BLTD TPHCM), Mai Thị Kim Dung (SN 1966, nguyên chuyên viên Phòng Nghiệp vụ Quỹ BLTD TPHCM) cùng về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Liên quan trong vụ án, trước đó bị can Trần Hữu Thái (nguyên Giám đốc Quỹ BLTD TPHCM) cũng bị đề nghị truy tố với cùng tội danh trên.
Vào năm 2009, Quỹ BLTD TPHCM ký hợp đồng với Ngân hàng TMCP N. để bảo lãnh cho Công ty TNHH Dược phẩm Phát Như Quân vay 7 tỷ đồng. Hợp đồng bảo lãnh quy định: Quỹ BLTD có quyền ngưng bảo lãnh khi công ty vi phạm hợp đồng; cung cấp thông tin, tài liệu không đúng sự thật; sử dụng vốn vay sai mục đích... Đồng thời công ty có nghĩa vụ thông báo kịp thời cho Quỹ BLTD những sự kiện làm thay đổi, ảnh hưởng đến an toàn vốn vay như tăng giảm vốn đầu tư, thay đổi tình trạng tài sản thế chấp, các thay đổi khác liên quan đến công ty có ảnh hưởng đến tài sản đảm bảo nợ vay.
Một năm sau, Công ty Phát Như Quân tiếp tục đề nghị Quỹ BLTD TPHCM bảo lãnh khoản vốn vay tại Ngân hàng TMCP H. Quá trình phân tích tài chính, năng lực quản lý và thẩm định hồ sơ phương án kinh doanh năm 2010 của Công ty Phát Như Quân, bị can Dung đã báo cáo lên cấp trên rằng phương án kinh doanh của công ty này không khả thi và công ty đã có một số vi phạm quy định của hợp đồng bảo lãnh đã ký kết năm 2009. Tuy nhiên, bị can Dương đã chỉ đạo, thúc ép Dung lập báo cáo thẩm định khác, bỏ các nội dung phân tích không có lợi cho Công ty Phát Như Quân. Bản báo cáo thẩm định hoàn chỉnh được các bị can Trí, Dương, Long, Thái thông qua và là cơ sở để Hội đồng thẩm định đồng ý bảo lãnh cho khoản vay 10 tỷ đồng của Công ty Phát Như Quân.
Chưa kiểm tra các khoản tiền giải ngân trước đó cho Công ty Phát Như Quân được sử dụng như thế nào thì các bị can tiếp tục bỏ qua nhiều quy định, sai phạm trong bảo lãnh bổ sung 9 tỷ đồng tại Ngân hàng TMCP H. Hành vi của các bị can đã gây thiệt hại cho Quỹ BLTD TPHCM hơn 19,2 tỷ đồng bao gồm gốc và lãi phát sinh, đến nay không có khả năng thu hồi.