Cùng với đó, Cơ quan An ninh điều tra đã chuyển toàn bộ hồ sơ vụ án sang Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đề nghị truy tố 12 bị can về các tội danh trên. Trước đó, vụ án này đã bị viện kiểm sát 2 lần trả hồ sơ.
Ban hành kết luận điều tra bổ sung lần 3, Cơ quan An ninh điều tra đã triệu tập, lấy lời khai của ông Trần Tuấn Anh (cựu Bộ trưởng Bộ Công thương, giai đoạn 2016-2021) và ông Trịnh Đình Dũng (cựu Phó Thủ tướng Chính phủ) và một số cá nhân khác. Trong vụ án, Bộ Công an xác định, bị can Hoàng Quốc Vượng (cựu Chủ tịch HĐTV Tập đoàn Điện lực Việt Nam - EVN, cựu Thứ trưởng Bộ Công thương) cùng bị can Phương Hoàng Kim (cựu Cục trưởng Cục Điện lực và Năng lượng tái tạo) có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong việc Bộ Công thương tham mưu cho Thủ tướng ban hành quy định về diện đối tượng và điều kiện được hưởng chính sách giá điện ưu đãi.
Ở các bản kết luận điều tra trước, Cơ quan An ninh điều tra xác định hành vi của các bị can Vượng, Kim gây ra thiệt hại hơn 937 tỷ đồng cho EVN. Sau khi điều tra lại, Cơ quan An ninh điều tra xác định thiệt hại lên tới hơn 1.043 tỷ đồng.
Sau khi lấy lời khai, cơ quan điều tra xác định, ông Trần Tuấn Anh đã ký 6 tờ trình, báo cáo của Bộ Công thương gửi Thủ tướng đề xuất ban hành Quyết định số 13/2020/QĐ-TTg (về cơ chế khuyến khích phát triển điện mặt trời tại Việt Nam), nhưng quyết định này trái với Nghị quyết số 115 của Chính phủ (về việc thực hiện một số cơ chế, chính sách đặc thù hỗ trợ tỉnh Ninh Thuận phát triển kinh tế - xã hội, ổn định sản xuất, đời sống nhân dân giai đoạn 2018 - 2023) được ban hành trước.
Kết luận điều tra bổ sung nêu, khi ký các tờ trình, báo cáo, ông Trần Tuấn Anh không biết việc bị can Hoàng Quốc Vượng đã chỉ đạo điều chỉnh mở rộng diện đối tượng trái với Nghị quyết số 115. Kết quả điều tra bổ sung không có tài liệu, chứng cứ thể hiện ông Trần Tuấn Anh có động cơ vụ lợi nên Cơ quan An ninh điều tra không xem xét xử lý hình sự.
Theo kết luận điều tra bổ sung, năm 2017, Thủ tướng khuyến khích phát triển các dự án điện mặt trời tại Việt Nam. Giai đoạn 2016-2018, trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận, ngoài 3 dự án điện mặt trời đã có, Thủ tướng phê duyệt bổ sung 5 dự án vào Quy hoạch điện VII điều chỉnh, còn Bộ Công thương phê duyệt bổ sung 24 dự án vào quy hoạch phát triển điện lực tỉnh Ninh Thuận.
Cuối năm 2017, Công ty cổ phần Điện mặt trời Trung Nam đề xuất, được UBND tỉnh Ninh Thuận chấp thuận đề nghị bổ sung dự án Nhà máy điện mặt trời Trung Nam Thuận Nam, công suất 50MW vào Quy hoạch điện VII.
Bộ Công thương đã thực hiện một số thủ tục thẩm định, nhưng thời điểm đó, Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng có ý kiến chỉ xem xét bổ sung vào Quy hoạch điện VII điều chỉnh với các dự án đã hoàn thành thẩm định. Do đó, Bộ Công thương dừng việc thẩm định, bổ sung quy hoạch các dự án điện mặt trời nói chung, gồm dự án Nhà máy điện mặt trời Trung Nam Thuận Nam.
Tuy vậy, bị can Hoàng Quốc Vượng bị cáo buộc vẫn chỉ đạo Cục Điện lực và Năng lượng tái tạo dự thảo quyết định quy định về cơ chế khuyến khích phát triển điện mặt trời tại Việt Nam theo hướng mở rộng diện đối tượng được hưởng giá điện ưu đãi, trái với nghị quyết và chỉ đạo của Thủ tướng.
Chỉ đạo trên của bị can Hoàng Quốc Vượng nhằm tạo cơ chế cho dự án Nhà máy điện mặt trời Trung Nam Thuận Nam được hưởng giá điện ưu đãi, đồng thời bị can này cũng lợi dụng chức vụ là Thứ trưởng Bộ Công thương thống nhất chủ trương đề xuất cho dự án trên được phê duyệt bổ sung quy hoạch và cố ý xin cơ chế giá ưu đãi vượt phạm vi cho phép.
Trong vụ án trên, nguyên Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng bị cáo buộc do tin tưởng vào kết quả xây dựng, thẩm định, thẩm tra dự thảo Quyết định số 13/2020/QĐ-TTg của Bộ Công thương, Bộ Tư pháp, Văn phòng Chính phủ nên khi ký ban hành, không biết nội dung trái với Nghị quyết số 115. Kết quả điều tra bổ sung, không có tài liệu, chứng cứ thể hiện ông Trịnh Đình Dũng nhận tiền, lợi ích vật chất nên không xem xét xử lý hình sự.
