Trong số các bị can, có ông Lê Tấn Hùng (58 tuổi, cựu Tổng Giám đốc Sagri) bị đề nghị truy tố 2 tội danh "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" và "Tham ô tài sản". Cùng bị đề nghị truy tố với 2 tội danh trên còn có bà Nguyễn Thị Thúy (cựu Trưởng phòng Tài chính kế toán).
Trong khi đó, bị đề nghị truy tố tội "Tham ô tài sản" gồm: Trần Văn Trường, Đỗ Sĩ Hoài Thanh, Đoàn Quang Hồi, Nguyễn Thị Nguyên và Nguyễn Thị Tuyết Mai.
Đề nghị truy tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản gây thất thoát, lãng phí" gồm: Vân Trọng Dũng, Trần Vĩnh Tuyến, Trần Trọng Tuấn, Phan Trường Sơn, Trần Quốc Đạt, Lê Tấn Hòa, Lê Văn Thanh và Nguyễn Thanh Chương.
Nguyễn Thị Thanh An bị truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Kết luận điều tra xác định, bị can Lê Tấn Hùng là người hiểu biết về quản lý nhà nước trong lĩnh vực kinh tế xã hội. Lợi dụng chức vụ Tổng Giám đốc Sagri từ năm 2016, đã chỉ đạo Nguyễn Thị Thúy (Kế toán trưởng) và Nguyễn Thị Tuyết Mai (phòng nhân sự) bàn bạc thống nhất với Trần Văn Trường (Giám đốc) và Đỗ Sĩ Hoài Thanh (Kế toán trưởng) Công ty VYC, Đoàn Quang Hồi (Giám đốc) và Nguyễn Thị Nguyên (Kế toán trưởng) Công ty PIT lập 10 hồ sơ khống cho các cán bộ công nhân viên đi tham quan học tập kinh nghiệm ở 16 nước để chiếm đoạt hơn 13 tỷ đồng. Trong đó ông Hùng sử dụng cho mục đích cá nhân hơn 900 triệu đồng.
Kết luận điều tra cũng xác định, ông Lê Tấn Hùng biết việc chuyển nhượng dự án nhà ở tại phường Phước Long B (quận 9, TPHCM) phải thực hiện đúng quy định của pháp luật về quản lý sử dụng vốn nhà nước đầu tư vào sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp.
Dự án mới chỉ xây dựng được 80% công trình kỹ thuật hạ tầng, chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính với Nhà nước và chưa đủ điều kiện để chuyển nhượng... nhưng ông Hùng vẫn chỉ đạo cán bộ cấp dưới hoàn thiện thủ tục, đề nghị UBND TPHCM chấp thuận để chuyển nhượng toàn bộ dự án cho Công ty Phong Phú với số tiền là 168 tỷ đồng, gây thiệt hại cho Nhà nước 348 tỷ đồng tại thời điểm chuyển nhượng dự án và 672 tỷ đồng tại thời điểm khởi tố vụ án.
Ngoài tội danh trên, ông Hùng còn bị điều tra thêm tội "tham ô tài sản". Liên quan tới hành vi này, kết luận điều tra cho thấy, ông Lê Tấn Hùng có những sai sót trong chỉ đạo, kiểm tra giám sát các bộ phận chuyên môn, tham mưu thực hiện chi trả tiền lương cho người lao động; thiếu sót, sai phạm trong đầu tư dự án, khai thác, sử dụng đất và các mặt bằng nhà đất được giao, sử dụng tài chính và các khoản vay.
Bộ Công an cho hay, cần phải xử lý bằng một bản án nghiêm khắc để giáo dục, răn đe, phòng ngừa chung. Trong vụ án, bị can Hùng là chủ mưu, cầm đầu, chỉ đạo điều hành và còn là người thực hiện tội phạm. Bị can chưa thực sự thành khẩn khai báo về động cơ vụ lợi của bản thân.