Cùng với việc đề nghị truy tố ông Chung, cơ quan điều tra còn đề nghị truy tố Võ Tiến Hùng (cựu Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội) và Nguyễn Trường Giang (Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Arktic) cùng về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Theo kết luận điều tra, Hà Nội có kế hoạch nhiệm vụ và các giải pháp xử lý ô nhiễm môi trường bức xúc trên địa bàn.
Ông Chung bị đề nghị truy tố thêm hành vi "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Cuối năm 2015, Công ty Thoát nước Hà Nội đã có tổng kết, đề nghị các sở, ngành báo cáo UBND Thành phố cho nhân rộng nhưng Thành phố không có ý kiến phản hồi.
Tháng 8-2016, ông Nguyễn Đức Chung đã kết luận và ra văn bản 308 chỉ đạo mua chế phẩm Redoxy 3C trực tiếp từ hãng Watch Water GmbH. Việc này, cựu Chủ tịch Hà Nội đã chỉ đạo miệng đối với ông Võ Tiến Hùng mua chế phẩm Redoxy 3C qua Công ty Arktic, không mua trực tiếp từ hãng Watch Water GmbH như chỉ đạo bằng văn bản.
Kết luận điều tra nêu, để định hướng mua chế phẩm Redoxy 3C của Đức thay thế hóa chất đang sử dụng, qua đó để định hướng yêu cầu mua qua công ty của gia đình và người thân nên ngay từ tháng 5-2016, ông Chung đã cử đoàn công tác đi Đức để làm việc, đàm phán, đặt hàng với Watch Water GmbH và quyết định lựa chọn chế phẩm Redoxy 3C.
Trong khi đó, chưa có cơ quan có thẩm quyền đánh giá tính hiệu quả của chế phẩm Redoxy 3C.
Cũng theo kết luận điều tra, Công ty Arktic do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ ông Chung) bỏ 100% vốn (5 tỷ đồng) và làm thủ tục thành lập lấy tên con trai (Nguyễn Đức Hạnh) tham gia đứng tên trong giấy đăng ký kinh doanh.
Sau đó bà Hoa, nhờ bà Nguyễn Thị Bích Hằng đứng tên sở hữu 40% vốn điều lệ thay cho gia đình bị can Chung, còn bị can Nguyễn Trường Giang đứng tên sở hữu 60% vốn điều lệ.
Do đó, bị can Nguyễn Đức Chung chỉ đạo mua chế phẩm Redoxy 3C qua Công ty Arktic để Công ty Arktic được hưởng khoản lợi nhuận gộp không chính đáng số tiền hơn 36 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra cho rằng, ông Nguyễn Đức Chung là người chủ mưu trong việc dừng sử dụng hóa chất cũ để mua hóa chất mới; chỉ đạo bằng văn bản tiêu thụ độc quyền chế phẩm Redoxy 3C đã được hãng Watch Water GmbH đồng ý bán với giá 8,5 Euro/kg.
Tuy nhiên, bị can lại chỉ đạo miệng bị can Võ Tiến Hùng làm trái pháp luật mua qua Công ty Arktic (với giá 295.000-326.000 đồng/kg), mang lại lợi ích không chính đáng cho Công ty Arktic (gia đình bị can Chung sở hữu 40% vốn điều lệ).
Quá trình điều tra, ông Chung khai báo quanh co nên Cơ quan cảnh sát điều tra đề nghị các cơ quan truy tố, xét xử xem xét xác định đây là các tình tiết tăng nặng.
