Các bị can cùng bị đề nghị truy tố gồm: Chu Tiến Dũng (cựu Tổng Giám đốc CNS); Nguyễn Hoàng Anh (cựu Chánh văn phòng CNS, Phó Tổng Giám đốc CNS); Đỗ Văn Ngà (cựu Kế toán trưởng CNS); Vũ Lê Tùng, Huỳnh Tấn Tư (cùng là cựu Phó Tổng Giám đốc CNS); Nguyễn Đức Vượng (cựu Chánh văn phòng CNS); Lê Viết Ba (cựu Phó phòng tài chính-kế toán CNS); Phạm Thúy Oanh (cựu Kế toán trưởng TIE, là người đại diện quản lý phần vốn góp của CNS tại Công ty TIE là công ty con của CNS, cựu Phó Tổng Giám đốc TIE); Hoàng Minh Trí (người đại diện quản lý phần vốn của CNS tại TIE, Phó Gám đốc Công ty TNHH MTV Phát triển công viên phần mềm Quang Trung thuộc CNS).
Theo kết luận điều tra, CNS là doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước hoạt động theo mô hình công ty mẹ và công ty con. Trong đó đối với Công ty cổ phần TIE, thì CNS chiếm 70% vốn điều lệ.
Theo kết luận điều tra, ngày 15-1-2019, Cục An ninh kinh tế (Bộ Công an) tiếp nhận đơn tố cáo của tập thể cán bộ, công nhân viên CNS tố cáo Chu Tiến Dũng có một số hành vi vi phạm pháp luật.
Cụ thể, công nhân viên CNS tố cáo ông Chu Tiến Dũng các vấn đề như: rút tiền từ quỹ khen thưởng người lao động, với số tiền 21,8 tỷ đồng; chỉ đạo thoái vốn của CNS tại Sagel và TIE, gây thiệt hại tài sản Nhà nước 1,7 tỷ đồng; thông qua việc góp vốn hợp tác đầu tư kinh doanh ngoài ngành với Công ty TNHH TM-DV Hoa Mai bằng quyền sử dụng đất được định giá thấp hơn so với giá trị thị trường, gây thiệt hại nhiều tỷ đồng.
Bên cạnh đó, rút tiền của công ty thông qua thanh toán bằng thẻ tín dụng, số tiền 1,2 tỷ đồng; sử dụng tiền của công ty để chi cho mục đích cá nhân được hợp thức dưới danh nghĩa đi công tác nước ngoài với số tiền 1 tỷ đồng và rút tiền 3,6 tỷ đồng thông qua việc yêu cầu CNS mua bảo hiểm nhân thọ cho người lao động trái quy định Nhà nước để nhận tiền “chăm sóc khách hàng” từ công ty bảo hiểm.
Cũng theo kết luận điều tra, Cơ quan ANĐT xác định bị can Chu Tiến Dũng và đồng phạm đã có hành vi vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước trong việc quản lý, sử dụng quỹ khen thưởng CNS, gây thất thoát 17,3 tỷ đồng và thực hiện thoái vốn đầu của CNS tại TIE trái quy định, gây thất thoát hơn 4,6 tỷ đồng.
Quá trình điều tra vụ án sai phạm xảy ra tại Tổng công ty Công nghiệp Sài Gòn, Cơ quan ANĐT đã tạm giữ tổng số tiền 26 tỷ đồng của một số bị can và người liên quan trong vụ án.
Cơ quan điều tra xác định, từ năm 2016 đến năm 2018, CNS vẫn tiếp tục căn cứ quy chế về quản lý, sử dụng quỹ khen thưởng của CNS để chi tổng cộng 17,3 tỷ đồng từ quỹ khen thưởng của CNS cho cá nhân, đơn vị ngoài CNS trái nghị định 91.
