Theo đó, kết luận điều tra của Công an TP Cần Thơ đề nghị truy tố các bị can gồm: Trương Châu Hữu Danh (39 tuổi; HKTT tỉnh Long An; nghề nghiệp: phóng viên), Nguyễn Phước Trung Bảo (39 tuổi; HKTT TP Đà Nẵng, Phó Giám đốc Công ty TNHH TT FOCUS), Đoàn Kiên Giang (36 tuổi; HKTT tỉnh Thanh Hoá; nghề nghiệp: nhà báo) và Nguyễn Thanh Nhã (41 tuổi, HKTT tỉnh Bình Định, Giám đốc Công ty TNHH TT FOCUS), cùng về tội "Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức cá nhân", theo khoản 2 Điều 331 Bộ luật Hình sự.
Kết luận điều tra cho biết, bị can Danh đã thừa nhận 31 bài viết phản ánh liên quan đến Cần Thơ là sai sự thật. Bản thân bị can Danh từng là phóng viên có nghiệp vụ nên biết phải có sự kiểm chứng, xác minh thông tin là đúng sự thật mới được đăng bài.
Tuy nhiên, đối với 31 bài viết, bị can Danh không kiểm chứng thông tin, chỉ dựa vào nhận định chủ quan, suy diễn để viết bài, điều này đã xâm hại đến lợi ích của Nhà nước, cơ quan, tổ chức như: Quỹ đầu tư TP Cần Thơ, Công ty Cadif, Tòa án nhân dân huyện Thới Lai, Tòa án nhân dân TP Cần Thơ, UBND huyện Thới Lai, UBND TP Cần Thơ, Bệnh viện Đa khoa TP Cần Thơ... Đồng thời, xâm phạm, làm giảm sút uy tín cá nhân của một số đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước tại TP Cần Thơ.
Đến ngày 15-4-2021, trong quá trình mở rộng điều tra vụ án, Công an TP Cần Thơ đã khởi tố bị can và thi hành lệnh bắt tạm giam đối với: Đoàn Kiên Giang, Nguyễn Thanh Nhã và Nguyễn Phước Trung Bảo.
Quá trình điều tra, các bị can đều thừa nhận đa số các bài viết sử dụng thông tin chưa được kiểm chứng, nên khi viết bài không đúng sự thật, đăng công khai trên mạng xã hội (Fanpage “Báo Sạch”, Group “Làm Báo Sạch” và Facebook “Trương Châu Hữu Danh”). Từ đó, làm cho người đọc hiểu nhầm, hiểu sai sự thật, tham gia bình luận tiêu cực...
Bên cạnh đó, quá trình điều tra, cơ quan chức năng đã phát hiện và thu giữ 9 văn bản đóng dấu "MẬT", 1 văn bản "TỐI MẬT" liên quan vụ án Hồ Duy Hải...
Hành vi trên của các bị can có dấu hiệu của tội “Cố ý làm lộ bí mật nhà nước; tội chiếm đoạt, mua bán hoặc tiêu hủy vật hoặc tài liệu bí mật Nhà nước”, quy định tại Điều 337 Bộ luật Hình sự..
Tuy nhiên, do tính phức tạp của tội phạm và đảm bảo kết thúc điều tra đúng thời hạn, Công an TP Cần Thơ đã tách các hành vi này thành vụ án khác để tiếp tục xác minh, khởi tố điều tra, xử lý theo quy định.