Dự án Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong - giai đoạn khởi động, có tổng mức đầu tư gần 6.000 tỷ đồng, được Bộ GTVT phê duyệt năm 2007 và giao VIMC làm chủ đầu tư, triển khai từ năm 2009.
Sau khi đã đầu tư số tiền khoảng 213 tỷ đồng, dự án bị tạm dừng do tác động từ cuộc khủng hoảng kinh tế thế giới và phải bàn giao lại cho Cục Hàng hải Việt Nam từ năm 2012.
Theo đề xuất của VIMC, các tài sản đã đầu tư dở dang ở dự án này cần được thanh lý, quyết toán để doanh nghiệp thuận lợi khi chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty cổ phần.
Bộ GTVT cũng yêu cầu VIMC có trách nhiệm tiếp nhận lại dự án, hoàn trả chi phí cho Cục Hàng hải Việt Nam đã chi trả trong quá trình nhận bàn giao tài sản và xử lý các vấn đề phát sinh liên quan đến dự án.
