Trạm thu phí Bàn Thạch đầu tiên được đặt tại xã Hòa Xuân Nam, huyện Đông Hòa, Phú Yên. Đến tháng 12-2016, trạm thu phí Bàn Thạch được di dời về địa phận xã An Dân (huyện Tuy An- Phú Yên) để đảm bảo khoảng cách giữa các trạm thu phí là 70km.
Tuy nhiên, từ khi đi vào hoạt động, trạm thu phí này đã làm người dân cũng như các doanh nghiệp kinh doanh vận tải trên địa bàn rất bức xúc. Do vị trí đặt trạm, nhiều phương tiện dù không đi qua hầm đường bộ đèo Cả nhưng vẫn phải đóng phí. Sở GTVT tỉnh Phú Yên đã có văn bản đề nghị Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả xây dựng phương án tài chính cụ thể để báo cáo Bộ GTVT xem xét mức hỗ trợ phù hợp cho việc miễn, giảm giá dịch vụ sử dụng đường bộ cho một số phương tiện trên địa bàn. Trên cơ sở đó, Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả đã kiến nghị Bộ GTVT cho ý kiến chỉ đạo thực hiện miễn giảm phí tại trạm Bàn Thạch cũng như điều chỉnh hợp đồng dự án, trên nguyên tác đảm bảo hài hòa lợi ích của các bên liên quan.
Dự án Hầm đường bộ Đèo Cả, trên Quốc lộ 1A nối Khánh Hòa với Phú Yên, sau gần 5 năm thi công đã chính thức được thông xe vào ngày 21-8 vừa qua. Trạm thu phí Bàn Thạch là một trong ba trạm thu phí hoàn vốn cho dự án này.
