Vào ngày 2-12-2016, tại phiên tòa xét xử sơ thẩm, Tòa án nhân dân tỉnh Hà Tĩnh đã tuyên phạt ông Nguyễn Văn Bổng với mức án 12 năm tù về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng”.
Sau đó, tại phiên tòa xét xử phúc thẩm vào cuối tháng 10-2018, ông Nguyễn Văn Bổng bị Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội tuyên phạt 7 năm tù (giảm 5 năm so với bản án xét sử sơ thẩm) về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo hồ sơ vụ án, từ năm 2008, lợi dụng chủ trương bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng để thực hiện dự án Khu liên hợp gang thép và cảng nước sâu Sơn Dương Formosa Hà Tĩnh tại Khu kinh tế Vũng Áng, huyện Kỳ Anh (nay là thị xã Kỳ Anh, tỉnh Hà Tĩnh), ông Nguyễn Văn Bổng đã cùng với một số cán bộ thuộc cấp cấu kết “hô biến” hàng chục hecta đất công thành “đất đang tranh chấp” để làm thủ tục áp giá đền bù, hỗ trợ đất nông nghiệp bị thu hồi liên quan đến dự án rồi chiếm đoạt của Nhà nước gần 27 tỷ đồng.
Trong đó, cơ quan chức năng xác định số tiền mà ông Nguyễn Văn Bổng cùng đồng phạm làm thất thoát của Nhà nước là hơn 10,4 tỷ đồng.