Theo Tờ trình, điểm thuận lợi là cơ cấu này tiếp tục được tổ chức theo mô hình quản lý đa ngành, đa lĩnh vực với quy mô và phạm vi quản lý từng bước được bổ sung, hoàn thiện, bảo đảm bao quát đầy đủ chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực, góp phần thực hiện thắng lợi các mục tiêu, nhiệm vụ của Nghị quyết Đại hội XIII đề ra, đạt được nhiều thành tựu rất quan trọng, khá toàn diện, tạo nhiều dấu ấn nổi bật.
Mặc dù vậy, phương án này có 3 hạn chế:
Một là việc phân công nhiệm vụ quản lý nhà nước đối với một số ngành, lĩnh vực vẫn còn giao thoa, chưa được phối hợp giải quyết một cách đồng bộ, hiệu quả; sắp xếp tổ chức bên trong ở một số bộ chưa thực sự tinh gọn.
Hai là, phân cấp, phân quyền giữa Trung ương với chính quyền địa phương cần tiếp tục quan tâm đẩy mạnh để phát huy tối đa tiềm năng, lợi thế, nguồn lực, tính chủ động, sáng tạo của các địa phương.
Ba là, sự phối hợp giữa các bộ trong việc giải quyết những vấn đề có tính liên ngành, liên vùng, nhất là trong việc xây dựng thể chế, chính sách vĩ mô còn có mặt hạn chế, dẫn đến khó xác định trách nhiệm của từng cơ quan và cần phải thành lập nhiều tổ chức phối hợp liên ngành.
Chính phủ cũng nêu rõ, trong quá trình xây dựng nội dung này, cũng có những ý kiến đề xuất phương án đổi tên một số bộ, ngành và sắp xếp tổ chức, thu gọn đầu mối một số Bộ, ngành có chức năng, nhiệm vụ tương đồng.
Chính phủ đã tổ chức nghiên cứu, thảo luận rất kỹ lưỡng, khoa học, thận trọng. Tuy nhiên, trong bối cảnh khó khăn do tác động của đại dịch Covid-19, Chính phủ phải tập trung chỉ đạo thực hiện “mục tiêu kép” vừa quyết liệt chống dịch, vừa tập trung tháo gỡ khó khăn, khôi phục sản xuất kinh doanh, phục hồi phát triển kinh tế - xã hội, giữ vững quốc phòng, an ninh, chăm lo, giải quyết an sinh xã hội, ổn định đời sống, an toàn cho nhân dân, phấn đấu hoàn thành tốt các mục tiêu, nhiệm vụ đặt ra; đồng thời, căn cứ kết quả công tác nhiệm kỳ 2016-2021 của Chính phủ đã được Quốc hội đánh giá chung tại Nghị quyết số 161/2021/QH14, việc trước mắt giữ ổn định cơ cấu tổ chức của Chính phủ khóa XV nhiệm kỳ 2021-2026 là cần thiết, phù hợp.
Tựu trung, Chính phủ đề nghị trước mắt giữ ổn định về tên gọi, cơ cấu tổ chức, số lượng các bộ và cơ quan ngang bộ của Chính phủ khóa XV nhiệm kỳ 2021-2026 như khóa XIV, có 22 cơ quan, gồm 18 Bộ và 4 cơ quan ngang bộ, tờ trình nêu rõ.
Thời gian tới, Chính phủ sẽ chỉ đạo tiến hành tổng kết 20 năm thực hiện mô hình tổ chức bộ máy của Chính phủ từ khóa XII đến khóa XV một cách bài bản, khoa học, tổng thể, toàn diện.
Trên cơ sở đó, xác định rõ hơn phạm vi quản lý đa ngành, đa lĩnh vực của các bộ, ngành; đồng thời nghiên cứu làm rõ cơ sở lý luận, thực tiễn về tổ chức bộ máy, chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước của các Bộ, ngành trong tình hình mới; tiếp tục nghiên cứu, sắp xếp lại một số Bộ, ngành có chức năng, nhiệm vụ tương đồng theo tinh thần Nghị quyết số 18, 19-NQ/TW của Hội nghị Trung ương 6 khóa XII và Nghị quyết số 56/2017/QH14 của Quốc hội gắn với việc xây dựng chiến lược cải cách hành chính đến năm 2030, định hướng 2045 để trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.