Đề án 911 được Chính phủ thông qua năm 2010 với mục tiêu đào tạo 23.000 giảng viên tiến sĩ, tổng kinh phí 14.000 tỷ đồng (94% từ ngân sách Nhà nước). Ở giai đoạn kiểm toán (năm 2012 - 2016), tổng chỉ tiêu đào tạo là 12.800 nghiên cứu sinh. Tuy nhiên, đến hết năm 2016, tổng số nghiên cứu sinh trúng tuyển và nhập học là 4.024, tức chỉ đạt 31,4%. Số nghiên cứu sinh tốt nghiệp và được cấp bằng là 787, đạt 6,1%.
Về chất lượng đào tạo, báo cáo Kiểm toán Nhà nước cũng đánh giá: các nghiên cứu sinh đã bảo vệ thành công và được công nhận tốt nghiệp theo đề án 911 ở hình thức đào tạo trong nước “không khác biệt nhiều so với đào tạo tiến sĩ đại trà”. Số lượng 238 nghiên cứu sinh đã tốt nghiệp và trở lại giảng dạy ở cơ sở đào tạo không làm thay đổi về cơ cấu giảng viên hay tác động lớn đến công tác giảng dạy chung của các nhà trường. Còn con số 542 tiến sĩ tốt nghiệp từ nước ngoài về lại trường giảng dạy cũng chưa làm thay đổi nhiều cơ cấu giảng viên.
Kiểm toán Nhà nước cho rằng việc phân bổ qua các năm của đề án chưa phù hợp với nhiệm vụ chi, phải hủy dự toán hoặc chuyển năm sau, trong khi kinh phí chi cho sự nghiệp GD-ĐT còn hạn hẹp. Kinh phí cấp thừa; học phí thu của nghiên cứu sinh không sử dụng từ nhiều năm, không hoàn nộp ngân sách số tiền tương đối lớn 38.850 triệu đồng, phần nào làm giảm hiệu quả sử dụng nguồn kinh phí.
Rồi việc nghiên cứu sinh bỏ học hoặc không quay về cơ sở cử đi học nhưng chưa bồi hoàn ngân sách Nhà nước, tỷ lệ cao nghiên cứu sinh bảo vệ tốt nghiệp chậm (chiếm 61%) cũng làm giảm hiệu quả đầu tư kinh phí của đề án 911. Một số trung tâm đào tạo tiến sĩ được thành lập và cấp kinh phí đầu tư theo đề án phê duyệt hoạt động không hiệu quả, không đúng chức năng, gây lãng phí ngân sách Nhà nước…
Từ những đánh giá trên, Kiểm toán Nhà nước cho rằng đề án không đạt mục tiêu và kiến nghị xử lý tài chính đối với Bộ GD-ĐT với tổng số tiền hơn 53 tỷ đồng. Trong đó, thu hồi nộp ngân sách Nhà nước hơn 50 tỷ đồng từ các khoản chi sai chế độ không đúng quy định, kinh phí chi cho nghiên cứu sinh bỏ học và chủ yếu là học phí của nghiên cứu sinh tại Cục Hợp tác quốc tế đã hết nhiệm vụ chi đến 30-7-2017. Bên cạnh đó, Bộ GD-ĐT phải hủy dự toán nguồn kinh phí đề án hơn 2,8 tỷ đồng. Kiểm toán cũng kiến nghị Bộ GD-ĐT chấn chỉnh công tác quản lý ngân sách tiền, tài sản của Nhà nước. Liên quan đến đề án 911, các bộ, ngành được kiểm tra đối chiếu cũng bị Kiểm toán Nhà nước kiến nghị xử lý tài chính hơn 6,3 tỷ đồng…
Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước về đề án 911 một lần nữa xới lên nỗi bức xúc của dư luận về vấn đề đào tạo tiến sĩ. Hồi tháng 11-2017, Bộ GD-ĐT công bố lấy ý kiến góp ý cho dự thảo đề án “Nâng cao năng lực đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý các cơ sở giáo dục đại học và các trường cao đẳng sư phạm đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản toàn diện GD-ĐT giai đoạn 2018 - 2025, tầm nhìn 2030”, với mục tiêu đào tạo 9.000 tiến sĩ, có tổng kinh phí 12.000 tỷ đồng. Ngay lập tức, đề án 12.000 tỷ đồng đã làm nóng dư luận xã hội với rất nhiều ý kiến gay gắt.
Theo Bộ trưởng Bộ GD-ĐT Phùng Xuân Nhạ, đề án đào tạo 9.000 tiến sĩ với kinh phí 12.000 tỷ đồng không phải là “đề án mới tinh”, mà là đề án thay thế đề án 911. Tổng kinh phí thực hiện đề án dự kiến là 12.000 tỷ đồng, bao gồm 10.200 tỷ đồng từ kinh phí còn lại của Đề án 911 và 1.800 tỷ đồng từ các cơ sở giáo dục đại học và đối tượng thụ hưởng đề án. Vấn đề đặt ra là đề án 911 đã không đạt mục tiêu, vậy thì “đề án 12.000 tỷ đồng” liệu có hiệu quả?