ĐBSCL đang chịu nhiều tác động nghiêm trọng do phát triển các đập thủy điện ở thượng nguồn sông Mê Kông làm suy giảm phù sa, thay đổi quy luật dòng chảy; không còn lũ lớn, xâm nhập mặn vùng ven biển diễn ra sớm hơn 1 - 1,5 tháng và biến động khó lường. Đồng bằng đang bị hạ thấp, nhất là vùng ven biển, tỷ lệ hạ thấp một số nơi từ 1,5 - 2,5cm/năm