Theo đó, sẽ quản lý vận hành có hiệu quả mạng lưới quan trắc các thành phần môi trường (nước sông Sài Gòn, sông Đồng Nai, kênh rạch nội - ngoại thành, liên tỉnh, nước biển ven bờ, nước dưới đất, không khí phóng xạ, bãi chôn lấp) và giám sát hoạt động của 16 trạm quan trắc nước thải tự động tại các khu công nghiệp - khu chế xuất. Quan trắc, giám sát, đánh giá chất lượng môi trường khi xảy ra sự cố như hiện tương cá chết trên kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè; tình trạng nổi bọt trắng xảy ra ở rạch Ruột Ngựa; lún nứt khu vực Rạch Tôm - Nhà Bè; hiện tượng nước đổi màu trên 8 kênh gần Khu công nghiệp Lê Minh Xuân... sẽ được chú trọng quan tâm.