Hiện tuyến kênh này có lòng kênh rộng 25-40m nhưng cạn dưới 2m, nhiều đoạn cong, hẹp, tĩnh không cầu dưới 3,5m khiến tàu lớn khó lưu thông. Theo kế hoạch, tuyến kênh Mương Khai - Đốc phủ Hiền sẽ được nâng cấp để đạt chuẩn luồng tàu kênh cấp 3; giúp rút ngắn khoảng cách giữa sông Tiền và sông Hậu còn 20km và gần hơn 45km khi từ cảng Sa Đéc (Đồng Tháp) đi cảng Cái Cui (TP Cần Thơ), ước tính giảm 30% chi phí vận chuyển.
Dự kiến, Ban Quản lý các dự án đường thủy sẽ trình Bộ GTVT báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án nâng cấp tuyến kênh Mương Khai - Đốc phủ Hiền vào tháng 8-2024. Thời gian chuẩn bị dự án trong năm 2024, thời gian thực hiện dự án dự kiến từ năm 2025 đến 2027.
