Theo đó, nguồn thu lớn nhất là từ đấu giá quyền sử dụng đất và đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư thực hiện các dự án tại 55 lô đất khai thác còn lại ở Khu đô thị mới Thủ Thiêm với diện tích 793.089,6 m2. Theo dự kiến trước đây, tổng nguồn thu từ việc khai thác quỹ đất của 55 lô đất này là hơn 21.921 tỷ đồng.
Quỹ đất khai thác còn lại dự kiến sẽ chia thành 3 nhóm tương ứng với tiến độ thực hiện việc đấu giá quyền sử dụng đất và đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư.
Nhóm 1 là các lô đất đã hoàn tất công tác giải phóng mặt bằng và đang đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật, có thể tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất ngay trong quý 4-2019, gồm 16 lô, diện tích 158.730 m2, nguồn thu dự kiến hơn 4.788 tỷ đồng.
Nhóm 2 là các lô đất sẽ đấu giá quyền sử dụng đất và dấu thầu lựa chọn nhà đầu tư sau khi đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật theo chủ trương của Thành ủy và UBND TPHCM, tổng cộng 16 lô với diện tích 269.125 m2, nguồn thu dự kiến hơn 8.125 tỷ đồng. Trong số này có 12 lô dự kiến đấu giá, đấu thầu trong quý 1-2020, 4 lô dự kiến đấu giá cuối năm 2020.
Nhóm 3 là các lô đất chưa hoàn thành công tác bồi thường giải phóng mặt bằng, gồm 23 lô, diện tích 365.234 m2, nguồn thu dự kiến hơn 9.012 tỷ đồng.
Một nguồn thu nữa là từ đấu giá quỹ nhà tái định cư dôi dư không còn nhu cầu sử dụng, Ban Quản lý Khu Thủ Thiêm đang phối hợp với các sở ngành liên quan và Trung tâm Phát triển quỹ đất để tổ chức bán đấu giá quỹ nhà này, dự kiến thu được khoảng hơn 9.936 tỷ đồng.
Về nguồn thu của Ban Quản lý Khu Thủ Thiêm chưa được sử dụng. Từ năm 2009, Khu đô thị mới có phát sinh nguồn thu từ khai thác quỹ đất và nhà đất tái định cư, toàn bộ số thu được nộp vào ngân sách nhà nước. Hiện vẫn còn hơn 7.754 tỷ đồng chưa sử dụng.
Với tiến độ thực hiện việc đấu giá quyền sử dụng đất và đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư như trên, dự kiến trong năm 2019 chỉ thu được khoảng hơn 14.725 tỷ đồng, gồm tiền đấu giá quyền sử dụng đất 16 lô đất đã hoàn tất công tác giải phóng mặt bằng và đang đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật và đấu giá 3.790 căn hộ tái định cư dôi dư.
Tại Kết luận Thanh tra số 1041 của Thanh tra Chính phủ ngày 26-6-2019 về công tác quản lý nhà nước và thực hiện pháp luật trong quy hoạch, quản lý xây dựng và đất đai tại Khu đô thị mới Thủ Thiêm, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị sớm tiến hành tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất hoặc đấu thầu dự án lựa chọn nhà đầu tư đối với 55 lô đất còn lại.