Cùng với đó, cộng đồng các dân tộc Việt Nam cũng có nhiều kinh nghiệm và truyền thống lâu đời sử dụng các loại cây, con dùng làm thuốc để phòng và chữa bệnh vô cùng đa dạng và phong phú, góp phần hình thành nên một kho tàng tri thức sử dụng cây, con làm thuốc chữa bệnh rất quý giá. Mặc dù có tiềm năng rất lớn về y học cổ truyền như vậy nhưng thời gian qua, việc phát triển các thế mạnh về đông y, đông dược ở nước ta còn rất khiêm tốn.
Cùng với đó, công tác bảo tồn và phát triển dược liệu cũng còn nhiều hạn chế, khó khăn, đặc biệt là các vấn đề liên quan đến quy hoạch phát triển dược liệu, bảo tồn và phát triển nguồn gen dược liệu, việc tiêu chuẩn hóa dược liệu, cũng như việc hiện đại hóa sản xuất thuốc từ dược liệu.
Đáng báo động hơn là tình trạng khai thác tràn lan quá mức mà không đi đôi với việc tái tạo, bảo tồn dược liệu đã dẫn đến số lượng loài cây dược liệu có khả năng khai thác tự nhiên còn rất ít (cả nước hiện chỉ còn khoảng 206 loài cây dược liệu có giá trị có thể khai thác tự nhiên), nhiều loài cây dược liệu quý hiếm đứng trước nguy cơ cạn kiệt, thậm chí tuyệt chủng.
Không chỉ vậy, sau 10 năm thực hiện Chỉ thị số 24-CT/TƯ của Ban Bí thư về phát triển nền đông y Việt Nam và Hội đông y Việt Nam trong tình hình mới, mặc dù hệ thống chăm sóc sức khỏe y dược cổ truyền đã được mở rộng và phát triển ở tất cả các tuyến, trong đó chỉ riêng tuyến tỉnh đã có 58/63 bệnh viện y học cổ truyền nhưng việc khám chữa bệnh về y dược cổ truyền cũng còn hạn chế. Số người thực hiện khám chữa bệnh bằng y học cổ truyền chỉ chiếm khoảng 20% trong tổng số lượt người khám chữa bệnh nói chung.
Lực lượng nhân lực làm công tác y dược cổ truyền có trình độ chuyên sâu cũng chỉ đạt khoảng 6% so với nhân lực y tế nói chung. Trước thực trạng này, Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến đã thẳng thắn chỉ rõ, việc truyền thông, cung cấp kiến thức cho người dân về “cái hay, cái được” của thuốc đông y, khám chữa bệnh bằng y học cổ truyền còn yếu. Tuyến tỉnh, thậm chí tuyến trung ương, các bác sĩ chuyên khoa trong ngành y học cổ truyền rất khan hiếm. Do đó, việc kết hợp khám chữa bệnh y học cổ truyền với y học hiện đại ở các tuyến cũng chưa đạt kết quả như mong muốn.
Hiện nay, trước xu thế phát triển mạnh mẽ của khoa học, công nghệ thì dược liệu chính là nguồn nguyên liệu của nền công nghiệp tân dược trong tương lai, không phải là nguồn nguyên liệu hóa dược mà chúng ta mất nhiều thời gian và công sức theo đuổi trong nhiều năm qua. Hơn nữa, hiện nay, không chỉ Việt Nam mà trên thế giới với xu hướng “trở về thiên nhiên” thì việc sử dụng các loại thuốc từ dược liệu của người dân ngày càng tăng hơn so với việc sử dụng thuốc tân dược vì nó ít có những tác dụng phụ nguy hại và phù hợp với quy luật sinh lý của cơ thể hơn.
Theo Tổ chức Y tế thế giới, khoảng 80% dân số tại các quốc gia đang phát triển, việc chăm sóc sức khỏe, bảo vệ sức khỏe ít nhiều có liên quan đến y học cổ truyền hoặc thuốc từ dược thảo truyền thống. Tại Việt Nam, nhu cầu về chăm sóc sức khỏe bằng y dược cổ truyền kết hợp với y học hiện đại cũng dần trở thành lựa chọn ưu tiên của nhiều người, nhất là những người cao tuổi, người mắc bệnh mạn tính, bệnh mới nổi và bệnh khó chữa.
Không chỉ là những bài thuốc, cây thuốc đơn thuần mà y học cổ truyền còn là di sản văn hóa dân tộc cần được bảo vệ, phát huy, phát triển. Do đó, việc triển khai mạnh mẽ nghiên cứu ứng dụng và hiện đại hóa y học cổ truyền kết hợp với y học hiện đại nhưng không làm mất đi bản chất của y học cổ truyền Việt Nam là yêu cầu tất yếu được đặt ra trong tình hình hiện nay. Hơn nữa, phát triển y học cổ truyền kết hợp với y học hiện đại cũng chính là nhằm đạt mục tiêu nâng cao sức khỏe, an toàn, hiệu quả, hiện đại, dễ tiếp cận cho người dân trong lĩnh vực chăm sóc, bảo vệ sức khỏe.
Để thực hiện được mục tiêu này, đòi hỏi Chính phủ, Bộ Y tế và các bộ ngành chức năng cần tăng cường đầu tư nhiều hơn cho việc nghiên cứu ứng dụng và hiện đại hóa y học cổ truyền về: nghiên cứu khoa học, đào tạo cán bộ, chẩn đoán, điều trị, sản xuất thuốc và nguyên liệu làm thuốc. Chú trọng phát triển các vùng trồng dược liệu quy mô lớn trên cơ sở khai thác các vùng có lợi thế về điều kiện tự nhiên, thích hợp với sinh trưởng và phát triển của cây dược liệu. Đẩy mạnh nghiên cứu ứng dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật tiên tiến để chọn, tạo ra các loại dược liệu có năng suất, chất lượng cao nhằm đáp ứng yêu cầu sản xuất thuốc dược liệu… Và đặc biệt cần tăng cường hợp tác quốc tế để đưa các dịch vụ y học cổ truyền Việt Nam ra thế giới.